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基于转录组测序的花斑裸鲤SSR、SNP和InDel位点特征分析
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摘要:
为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记(InDel)位点特征。结果表明:在486 221条Unigenes序列中共发现了128 727个SSR,出现频率为26.47%,平均每3.76 kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括6个重复类型,以单碱基和二碱基重复基元类型为主,分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%,重复基元类型共77种,其中,A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高,是花斑裸鲤SSR的优势重复基元;所有重复次数中出现次数最多的为5~15次,占所有SSR位点的87.52%;通过GATK3软件搜索得到399 080个SNP位点,转换类型多于颠换类型,分别占总SNP的56.29%和43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高,C/G发生频率最低;InDel分析显示,从花斑裸鲤转录组Unigenes中共筛选出254 065个InDel位点,平均每1 903 bp出现1个InDel位点,且SNP位点和InDel位点均以含1个位点的Unigenes数最多。研究表明,花斑裸鲤转录组中SSR、SNP和InDel位点非常丰富,这些位点对花斑裸鲤种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值。
南极磷虾粉替代鱼粉对黄颡鱼生长、免疫及肌肉品质的影响
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摘要:
为研究南极磷虾粉替代鱼粉对黄颡鱼生长性能、血清免疫指标及肌肉品质的影响,实验以初始体质量为(10.51±0.13) g的黄颡鱼为研究对象,南极磷虾粉替代基础饲料(30%鱼粉)中0%(KM0,对照组)、 2.5%(KM2.5)、 5.0%(KM5)、 7.5%(KM7.5)和10%(KM10)的鱼粉,共配制5组等氮等脂的饲料,每组3个重复,养殖实验在水库网箱(1.5 m×1.5 m×1.5 m)中进行,持续8周。结果显示,南极磷虾粉替代鱼粉对黄颡鱼生长、存活率、肠道淀粉酶和脂肪酶活性无显著性影响,但显著降低肠道胰蛋白酶活性。与KM0组相比,各替代组血清中补体3含量显著上升,KM5组免疫球蛋白M显著上升,而替代水平超过5%时,血清中碱性磷酸酶活性显著降低。随着磷虾粉替代比例的增加,黄颡鱼肌肉黏附性、弹性、胶黏性呈下降趋势,内聚性呈上升趋势,硬度、咀嚼性呈先上升后下降趋势。与KM0组相比,KM10组黄颡鱼肌肉黏附性、弹性、胶黏性显著降低,内聚性显著升高。随着磷虾粉替代鱼粉比例的上升,黄颡鱼肌肉水解氨基酸中呈味氨基酸和总非必需氨基酸含量呈先上升后下降趋势。研究表明,在本实验条件下,南极磷虾粉替代鱼粉对黄颡鱼的生长无负面影响,适量添加南极磷虾粉能在一定程度上增强其免疫功能,并影响黄颡鱼肌肉质构和呈味氨基酸含量。
提高配网线路运行管理与维护措施研究
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无人机航拍技术在测绘工程测量中的应用
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变电站改扩建中的变电一次设计研究
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浅析新理念下的小学语文教学创新策略研究
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