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大肠杆菌整合宿主因子的表达与纯化 下载:82 浏览:477

梁小珍 余艳红 《生物技术研究》 2019年9期

摘要:
构建大肠杆菌整合宿主因子两亚基的共表达载体并对其表达纯化条件进行探索。[方法]PCR扩增himA和hip基因,重叠PCR连接起来后利用重组酶连接到表达载体p ET-duet1中,筛选阳性重组子,转化Rosetta(DE3)表达菌,调整诱导时IPTG的浓度及诱导时间,确定最佳诱导条件,最后通过himA基因C端的6×His标签与镍的结合,进行蛋白纯化。[结果]成功扩增himA和hip基因;重组表达载体p ET-duet-himAhip经PCR和DNA测序鉴定构建成功; SDS-PAGE检测到大小约为11. 1 k Da和10. 7 k Da的目的蛋白,IHF的表达成功; 37℃,A600=0. 6~0. 8时,在IPTG终浓度分别为0. 2 mmol/L、0. 5 mmol/L条件下诱导2 h、4 h,目的蛋白的表达量没有明显区别。[结论]成功构建IHF两个亚基的共表达载体,在37℃诱导条件下简单快速得到等比例的可溶性IHF-α和IHF-β,为后续研究奠定基础。

肺癌中LncRNA的表达及其与预后的相关性 下载:82 浏览:499

王丹1 沙岩1 吴言1 朴雪1 胡俊峰2 《生物技术研究》 2018年11期

摘要:
筛选出在肺癌组织中特异性表达的长链非编码RNA(lncRNA),并探讨其在肺癌中的表达水平与患者预后的相关性。[方法]从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)下载肺癌临床病理和基因表达谱信息。以|Fold Change|>2和校正后的P值(FDR)<0.05为标准筛选差异表达的lncRNA。对差异表达显著的FOXD3-AS1进行RNA结合蛋白(RBP)预测,并用关联矩阵法构建差异表达的lncRNA-RBP-mRNA共表达网络,继而对共表达mRNA进行Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路富集分析;通过Kaplan-Meier Plotter方法研究FOXD3-AS1与预后相关性。[结果]共筛选出1 362个在肺癌中差异表达的lncRNA,其中表达上调的1 184个,表达下调的178个。与FOXD3-AS1具有共表达关系的mRNA共有11个。KEGG分析这些共表达的mRNA主要富集在黏着连接、结肠直肠癌和松弛素信号通路,RBP预测发现FOXD3-AS1可以与人丝氨酸/精氨酸富有剪接因子SRSF1结合。FOXD3-AS1与肺癌患者生存曲线具有极显著相关性(P<0.01)。[结论]SRSF1居于lncRNA-RBP-mRNA共表达网络的核心位置,在肺癌的发生、发展中起到重要的调控作用,有望成为肺癌免疫治疗的分子靶标。差异表达的FOXD3-AS1可以很好地判断肺癌患者的预后,因此,可以作为潜在的肺癌检测分子标志物。

大黄鱼生长速率差异个体肌肉组织的转录组比较分析 下载:76 浏览:491

张波 姜丹 张东玲 王志勇 方铭 《水产研究进展》 2023年6期

摘要:
为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制,实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速率较快的体重均值为(527.1±83.6) g的个体182尾、生长速率较慢的体重均值为(238.4±52.3) g的个体230尾,共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总RNA提取和转录组测序,并对2组进行基因差异表达分析。以Padj <0.05、abs[log2(FoldChange)]> 1为标准,共筛选到227个差异表达基因,包括125个上调基因、102个下调基因。差异表达基因在NCBI-nr和Uniprot(Swiss-Prot)数据库的注释率分别为99.12%、81.94%。通过差异表达基因的功能注释结果,初步筛选出了可能与肌肉生长相关的候选功能基因,如gdf9、ckm、tnni2和des等。GO和KEGG分析预测出部分与肌肉生长相关的信息,如GOterm有肌动蛋白丝组织、肌动蛋白细胞骨架组织、肌动蛋白丝基过程、微管组织中心和发育生长等,KEGG通路有细胞和生长因子、脂肪酸生物合成、转化生长因子-β信号通路(TGF-β信号通路)、胰岛素信号通路和肌动蛋白细胞骨架的调控等。加权基因共表达网络分析(WGCNA)分析发现,purple模块与体重性状相关性较强,其核心基因myoz1、tpm1和tnni2可能与肌肉生长相关。本研究结果可以为后续相关基因功能的深度挖掘验证以及大黄鱼生长性状的分子调控机制解析提供参考。
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