目的：分析和研究微滤膜分离技术在疾控中心微生物检验中的应用价值。方法：所选病例是2021年1月到2023年1月疾控中心接入的阳性微生物待检样本180例，随机分为两组，常规检测组和特殊检测组，各为90例；常规检测组予以常规平板培养法检测，特殊检测组用以微滤膜分离技术检测，分析两种检测方式的微生物检出率、检测灵敏度、污染率和检测时间。结果：特殊检测组微生物检出率为95.56%，检测灵敏度为97.78%，污染率为2.22%；常规检测组微生物检出率为77.78%，检测灵敏度为87.78%，污染率为11.11%；特殊检测组微生物检出率、检测灵敏度比常规检测组更高，数据有差异（P<0.05）；特殊检测组污染率比常规检测组偏低，数据有差异（P<0.05）；特殊检测组检测时间为（5.31±0.89）h，常规检测组为（29.56±5.27）h，特殊检测组检测时间更短于常规检测组，数据有差异（P<0.05）。结论：将微滤膜分离技术应用于疾控中心微生物检验中，能够获得准确的检测结果，提升检测灵敏度，减少培养微生物过程中出现的污染，同时检测的时间比较短，值得进行推广和应用。