低温是影响凡纳滨对虾养殖的重要因素。为探明凡纳滨对虾在应对低温胁迫下的分子机制，通过RACE方法对凡纳滨对虾胸腺肽(Lvthy)基因进行克隆，并对其序列特征进行分析，并通过荧光定量PCR对其组织分布表达及低温胁迫下的表达谱进行分析，最后通过siRNA干扰的方法对其表达量进行敲降，对其在凡纳滨对虾低温胁迫下的功能进行验证。Lvthy基因cDNA全长1765bp,开放阅读框长度729bp,编码242个氨基酸。组织分布分析结果显示，Lvthy基因在对虾不同组织中均有表达，在胃组织中表达量最高，其次是在肠道、心脏和脑组织。低温胁迫试验结果显示：Lvthy基因在低温刺激1h后表达量开始上调；3h后表达量达到最高，是正常状态下的2.7倍；随后Lvthy基因表达量开始下降。RNAi干扰试验结果显示，敲降Lvthy基因后，凡纳滨对虾在低温胁迫下的存活率仅为31%,显著低于对照组存活率(83%)。试验结果表明，胸腺肽在凡纳滨对虾响应低温胁迫的生理过程中发挥重要的作用，本试验结果可为胸腺肽在甲壳动物应对低温胁迫下的适应机制研究奠定基础。

为了解析与胸腺细胞选择相关的高迁移率族蛋白4(tox high mobility group box family member 4,TOX4)在尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)响应无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)感染过程中的功能，利用聚合酶链式反应(PCR)克隆和鉴定尼罗罗非鱼TOX4基因(GenBank登录号：XP003458812)的开放阅读框(open reading frame, ORF)序列，对推导的TOX4氨基酸序列进行生物信息学分析，分析其亚细胞定位特征，以及在尼罗罗非鱼头肾淋巴细胞亚群的分布特征，并利用荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析TOX4基因在健康鱼各组织及响应无乳链球菌感染过程中的表达模式。结果表明：尼罗罗非鱼TOX4基因的ORF全长为2 004bp,编码667个氨基酸，预测TOX4蛋白的相对分子质量为69 060,理论等电点为4.69,无信号肽序列及跨膜结构，具有一个HMG保守结构域；亚细胞定位结果显示，TOX4蛋白主要表达于细胞核中；多序列比对及系统进化分析均显示，尼罗罗非鱼与斑马拟丽鱼(Maylandia zebra) TOX4氨基酸序列的同源性最高；qRT-PCR分析显示，TOX4基因在健康尼罗罗非鱼各组织中均有表达，且在血液中表达量最高；单细胞转录组数据分析显示，TOX4基因主要在尼罗罗非鱼非特异性细胞毒性细胞(nonspecific cytotoxic cell, NCC)和巨噬细胞(macrophage, Mφ)中表达；经无乳链球菌感染后，尼罗罗非鱼脑、头肾、肠道和脾脏中TOX4基因的表达量显著上调，并在感染后12h(脑、头肾、肠道)和48h(脾脏)达到峰值。研究表明，TOX4可能参与尼罗罗非鱼响应细菌感染的免疫应答过程。

为评价Claudin-3与Claudin-12基因在珍珠龙胆石斑鱼Epinephelus fuscoguttatus♀×E.lanceolatus♂生长和肠道黏膜屏障中的作用，通过同源克隆及RACE PCR技术克隆珍珠龙胆石斑鱼Claudin-3和Claudin-12基因的全长，采用qRT-PCR技术分析Claudin-3和Claudin-12基因在珍珠龙胆石斑鱼脑、鳃、皮肤、肌肉、肝脏、胃、前肠、中肠、后肠、头肾、体肾、脾和心脏13种组织的表达情况，并通过饲料精氨酸干预评估上述两个基因在肠道的表达情况。结果表明：Claudin-3 cDNA全长序列为1 544bp,包括一个153bp的5′末端非翻译区(UTR)和743bp的3′UTR,Claudin-3的开放阅读框(ORF)为648bp,可编码215个氨基酸的蛋白，预测该蛋白相对分子质量为23 100;Claudin-12 cDNA全长序列为1 236bp,包括一个118bp的5′UTR和92bp的3′UTR,Claudin-12的ORF为1 026 bp,可编码341个氨基酸的蛋白，预测该蛋白相对分子质量为37 400;系统进化树和氨基酸序列比对显示，珍珠龙胆石斑鱼Claudin-3与斜带石斑鱼亲缘关系最近，同源性最高，一致性高达98.14%,珍珠龙胆石斑鱼Claudin-12与䲟的亲缘关系最近，同源性最高，一致性高达91.75%;Claudin-3和Claudin-12基因在被检测的13种组织中均有表达，Claudin-3 mRNA在鳃和体肾中表达量最高(P<0.05),其次是中肠和肝脏，Claudin-12在脑中表达量最高(P<0.05),其次是中肠和后肠；饲料中精氨酸含量为3.06%时，珍珠龙胆石斑鱼增重率及肠道Claudin-3和Claudin-12基因表达水平显著高于1.96%和3.74%精氨酸组(P<0.05)。研究表明，Claudin-3和Claudin-12基因表达在适宜精氨酸水平的影响下上调，可维护石斑鱼肠道黏膜屏障完整，并促进鱼体生长。

为了研究淋巴因子基因(T-cell acute lymphocytic leukemia，tal)在香港牡蛎中的免疫功能，实验采用cDNA末端快速扩增技术(rapid-amplification of cDNA ends，RACE)克隆了香港牡蛎tal的cDNA全长序列，命名为Chtal，该基因全长812bp，其中5非编码区17bp，3非编码区135bp，开放阅读框(open reading frame，ORF)660bp，编码219个氨基酸，相对分子质量25.11ku，理论等电点5.80。多序列比对和系统进化树结果显示，Chtal与长牡蛎、美洲牡蛎和海蜗牛tal同源性较高，证明了该基因是软体动物tal家族的一个成员。荧光定量PCR结果显示，Chtal在香港牡蛎血淋巴细胞中表达量最高，其次是心脏、鳃和消化腺。在溶藻弧菌和溶血性葡萄球菌刺激后，Chtal表达量显著上调，分别在24和12h达到最高水平，随着时间的增加该基因的表达量逐渐下降。亚细胞定位结果显示，Chtal在细胞核中表达。活体注射重组TAL蛋白能够显著提高淋巴细胞的数量，通过Edu增殖实验进一步证实了tal具有促进香港牡蛎血淋巴细胞再生的功能。本研究初步揭示了香港牡蛎tal参与了淋巴细胞再生，为深入研究该基因在牡蛎抗病中的功能提供了依据。

研究表明弹性蛋白酶(elastase， Ela)参与调控嗜水气单胞菌引起的细菌性溃疡病，对控制鱼类养殖中免疫疾病有重要作用。本研究根据已报道脊椎动物的Elas基因序列设计特异性引物，通过RT-PCR和RACE技术克隆获得黄鳍鲷Ela基因(AlEla)cDNA序列全长，并对其进行生物信息学分析。结果显示，AlEla基因全长为946 bp，包含807 bp的开放阅读框，编码269个氨基酸，含有16个氨基酸信号肽的亲水性稳定膜外蛋白，定位于细胞外基质，具有3个O-糖基化和15个磷酸化的潜在位点。编码的成熟AlEla蛋白预测相对分子质量27 509 u，等电点为6.05。氨基酸序列同源性比对发现，AlEla与鲷和鲆的Elas2的同源性为84.76%～99.26%，处于系统进化树上同一分支，表明它们的亲缘性相近。AlEla具有Elas的保守结构，如Tryp-SPc结构域、丝氨酸蛋白酶催化三联体、保守的半胱氨酸残基以及在C端含有GDSGGPL序列等，揭示该酶有丝氨酸蛋白酶的催化活性。对AlEla蛋白的二级结构分析显示，α-螺旋、β-转角、β-折叠和无规则卷曲所占的比例分别为17.84%、7.06%、24.54%和50.56%。三级结构分析推测α-螺旋和β-折叠对于AlEla蛋白的空间构象可能有着重要作用。本研究从黄鳍鲷肌肉中成功克隆AlEla基因并分析其生物信息学特征，为后续研究AlEla参与调控鱼类免疫疾病的机制提供理论基础。