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试栽羊肚菌分子系统分析 下载：76 浏览：502

兰阿峰1,2 李勃1 郭素芬1 彭浩1,2 刘璐1,2 邓百万1,2 《生物技术研究》 2019年2期

摘要:
为了弄清陕西汉中试栽羊肚菌的种类归属。[方法]收集到汉中地区试栽羊肚菌子实体19个样品,采用CTAB法提取其基因组DNA,使用通用引物PCR扩增5个基因序列(ITS、LSU、EF1-α、RPB1和RPB2)保守区片段,用1. 0%的琼脂糖凝胶电泳对PCR产物进行检测,并对PCR产物送样测序。依据测序结果构建系统发育树,结合系统发育树进行物种归属鉴定。[结果]获取了所有样品的5个基因序列保守区片段,通过测序比对19个样品5个基因序列保守区片段并进行序列联合,对总长度3 025 bp的保守区序列分析并构建系统发育树,依据系统发育树鉴定出汉中试栽羊肚菌分别为六妹羊肚菌(Morchella sextelata)、梯棱羊肚菌(M. importuna)、隐形羊肚菌(M. cryptica)和北方羊肚菌(M. septentrionalis)。[结论]采用多基因联合分析法弄清楚汉中试栽羊肚菌的种类归属。

河南山坡土壤中三种葡萄穗霉科真菌鉴定 下载：76 浏览：363

翟妮平 李光宇 徐超 李田田 耿月华 张猛 《土壤研究》 2019年9期

摘要:
葡萄穗霉属(Stachybotrys)及其近似属隶属于葡萄穗霉科(Stachybotryaceae)。此类真菌多为腐生，在土壤中普遍存在，潮湿的室内环境中也较为常见。有报道此类真菌为室内污染菌，可引发人类的多种疾病，也是多种植物的致病菌。然而，该属的一些真菌也可产生有益的次生代谢物质，具有很大的开发价值。本研究我们对河南省平顶山市鲁山县的32份土样进行分离纯化，获得了2株无色穗孢属(Achroiostachys)和1株葡萄穗霉属(Stachybotrys)真菌。通过对所分离到的葡萄穗霉科物种展开5个基因(Internal Transcribed Spacer region，beta-tubulin，Translation elongation factor 1-alpha，Calmodulin，RNA polymeraseⅡlargest subunit 2)测序、比对，构建了分子系统树并对葡萄穗霉属及其近似属进行系统发育分析。在形态上，Achroiostachys属也以其透明、光滑的分生孢子梗和分生孢子与Stachybotrys属区分。在系统发育树上Achroiostachys与Stachybotrys两属也明显的分为了两大分枝。结合形态描述和系统发育数据确定这三株真菌的分类地位，分别为:光亮无色穗孢(Achroiostachys levigata)，桦树无色穗孢(Achroiostachys betulicola)和纸葡萄穗霉(Stachybotrys chartarum)。无色穗孢属(Achroiostachys)真菌在我国是首次报道。

采用XGBoost和随机森林探索中国西部女性乳腺癌危险因素 下载：72 浏览：456

彭佳丽1 刘春容2 李旭1 易芳1 李佳圆1 《预防医学杂志》 2020年5期

摘要:
目的采用XGBoost和随机森林法探索中国西部女性乳腺癌危险因素。方法 2014-2015年间采用病例对照研究设计序贯收集病例788例,对照801例。问卷调查研究对象乳腺癌相关危险因素信息;采用飞行时间质谱生物芯片技术检测对象乳腺癌易感基因的SNPs突变,并估计多个基因的联合评分(polygenetic risk score,PRS)。按绝经状态为分层因素,分别用XGBoost和随机森林构建绝经前/后乳腺癌风险预测模型,筛选乳腺癌相关危险因素并进重要性排序。结果两种算法筛选的乳腺癌危险因素清单前10位显示,绝经前/后主要的危险因素包括总哺乳时间、人工节育器累积使用时间、PRS、被动吸烟年限、BMI及体重信息和年龄。两种模型在绝经前后AUC值均大于70%。结论通过两种机器学习法筛选的危险因素较为一致,这些因素将有助于筛选中国西部女性的乳腺癌高危因素,以实现乳腺癌风险分级管理。
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