文章-世纪中文出版社

满君1 张晓梅2 宋龙飞3 《预防医学杂志》 2020年10期

摘要:

目的应用生物信息学方法挖掘恶性肺结节的相关基因,为恶性肺结节诊断和治疗提供靶点。方法从GEO (Gene Expression Omnibus)数据库中下载基因芯片数据集GSE108375和GSE27489,利用GEO2R筛选恶性肺结节的差异表达基因(DEGs)。应用DAVID数据库进行GO和KEGG通路富集分析,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络和关键基因模块,筛选恶性肺结节关键基因。运用UCSC和ONCOMINE数据库中的临床组织样本验证靶基因与肺癌的关系。结果初筛出62个DEGs,富集分析发现差异基因在细胞粘附、细胞迁移、受体激活、信号转导等方面存在显著富集。共筛选出ITGB2、RAC2、CD44、PECAM1、HCK、DOCK2、WAS、MYO1F、AIF1 9个恶性肺结节靶基因,经临床肺癌组织样本验证靶基因在肺癌组织中存在显著高表达。结论通过生物信息学筛选出9个靶基因,表明其可能是恶性肺结节发病机制、临床诊断和治疗的研究靶点。

大黄鱼生长速率差异个体肌肉组织的转录组比较分析下载：76 浏览：489

张波姜丹张东玲王志勇方铭《水产研究进展》 2023年6期

摘要:

为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制，实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速率较快的体重均值为（527.1±83.6） g的个体182尾、生长速率较慢的体重均值为（238.4±52.3） g的个体230尾，共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总RNA提取和转录组测序，并对2组进行基因差异表达分析。以Padj <0.05、abs[log2（FoldChange）]> 1为标准，共筛选到227个差异表达基因，包括125个上调基因、102个下调基因。差异表达基因在NCBI-nr和Uniprot（Swiss-Prot）数据库的注释率分别为99.12%、81.94%。通过差异表达基因的功能注释结果，初步筛选出了可能与肌肉生长相关的候选功能基因，如gdf9、ckm、tnni2和des等。GO和KEGG分析预测出部分与肌肉生长相关的信息，如GOterm有肌动蛋白丝组织、肌动蛋白细胞骨架组织、肌动蛋白丝基过程、微管组织中心和发育生长等，KEGG通路有细胞和生长因子、脂肪酸生物合成、转化生长因子-β信号通路（TGF-β信号通路）、胰岛素信号通路和肌动蛋白细胞骨架的调控等。加权基因共表达网络分析（WGCNA）分析发现，purple模块与体重性状相关性较强，其核心基因myoz1、tpm1和tnni2可能与肌肉生长相关。本研究结果可以为后续相关基因功能的深度挖掘验证以及大黄鱼生长性状的分子调控机制解析提供参考。

两种单色鲤皮肤转录组特征分析下载：49 浏览：291

史东杰1,2 张强3 伍仕弘4 高坚5 魏东6 张欣1,2 王赛赛1,2 孙砚胜1,2 姜巨峰7 李文通1,2 杨昊坤1,4 《中国水产学报》 2023年2期

摘要:

为了探究全红鲤(Cyprinus carpio)和全黄鲤的基因资源，采用Illumina Hi-seq测序技术对两种单色鲤的皮肤进行转录组测序，并对差异表达基因进行注释和富集分析。结果表明：对体长为(33.42±0.24)cm的全红鲤和体长为(38.75±0.43)cm的全黄鲤皮肤测序，分别获得干净数据(clean reads)为129 222 850和130 869 572个；与Nr、Nt、COG、GO、KEGG、Pfam和Uniprot数据库中已知基因进行比对，分别有58 782、61 490、11 468、31 206、31 581、61 385和51 805个基因获得注释，7个数据库中均有注释的基因数为8 378个；在全红鲤和全黄鲤皮肤中存在4 822个差异表达基因，其中，显著上调1 929个，显著下调2 893个；取其中9个差异表达基因进行qRT-PCR验证，证实了转录组数据结果的可靠性；在差异表达基因中，筛选获得了部分参与体色调控的基因，包括mitfa、ednrA、wnt7、agouti和mif等；KEGG分析发现，差异表达基因极显著富集在甘露糖与果糖代谢、糖酵解/糖原异生途径、碳代谢、磷酸戊糖途径和酪氨酸代谢等43条通路；对酪氨酸代谢和黑色素合成通路分析发现，与红色素和黄色素合成相关的基因mif、mif4g、agouti、ednrA和ednrB等显著上调，与黑色素合成相关的基因tyr、tyrp1、mitfa和wnt7等显著下调；差异基因变异分析发现，全红鲤和全黄鲤中均存在的单核苷酸多态性标记(SNP)共388 673个。研究表明，两种单色鲤皮肤组织中差异表达基因主要富集在能量代谢、生长和免疫等通路中，获得的转录组信息可为今后锦鲤分子标记的开发及功能基因的克隆、编辑和功能分析等提供基础数据。

福瑞鲤2号不同生长速率个体肌肉组织转录组分析下载：78 浏览：459

王兰梅1，2 朱文彬1 傅建军1 董在杰1，2 《水产研究进展》 2021年1期

摘要:

鱼类通过选育获得优良生长性状的遗传分子机制目前尚不清楚。实验分析比较了2种不同生长速率福瑞鲤2号肌肉组织的转录组文库。组装后共获得392 238条测序序列(contigs)。其中可比对上斑马鱼、弓斑东方鲀、青鳉、三刺鱼、尼罗罗非鱼和松浦镜鲤的蛋白序列的比例为56.01%～77.71%。2种不同生长速率福瑞鲤2号肌肉转录组比较，获得749个差异表达基因，包括348个上调基因和401个下调基因。鉴定出了与肌肉生长相关关键基因，如mb、myl2b、tnni1、fhl1、lamb3和pdk2等。研究结果为后续基因功能的研究以及鱼类新品种优良生长性状的分子机制解析奠定了基础。

红鳍东方鲀感染哈氏弧菌前后组织中socs3基因的表达差异分析下载：93 浏览：512

华昕彤1 刘鹰1 陈冰2 徐岩3 傅松哲1 姜晨2 《中国水产学报》 2019年3期

摘要:

为研究红鳍东方鲀Takifugur ubripes免疫系统相关细胞因子信号传导抑制因子-3（Suppressor of cytokine signaling,SOCS3）的表达情况,采用相对实时荧光定量PCR方法比较了体质量为（290.34±5.13）g的健康红鳍东方鲀脑、脾脏、肠、鳃、肌肉和肝脏6个不同组织中socs3基因表达量,以及感染哈氏弧菌Vibrio harveyi后肝脏、脾脏和肠组织socs3基因表达量的变化。结果表明:socs3基因在健康红鳍东方鲀肝脏组织、肌肉组织中均有显著表达（P<0.05）,在鳃、脑、脾脏、肠组织中表达不显著（P>0.05）;感染哈氏弧菌的红鳍东方鲀,在感染后的24、48h时,肝脏组织socs3的表达量显著高于0h（P<0.05）,分别约为初始时的10倍和8倍,其他组织变化不明显（P>0.05）;利用NCBI的ORF Finder程序鉴定所得红鳍东方鲀SOCS3（NP001072096.1）序列的潜在开放阅读框（ORF）,通过模块化结构研究工具来鉴定保守结构域和信号肽,表明socs3的cDNA序列全长1533bp,其中5′端非编码区为215bp,开放阅读框（ORF）长度为606 bp,3′端非编码区为713bp,共编码201个氨基酸;利用MEGA6.0软件进行氨基酸序列比对并构建系统发育树,结果显示,硬骨鱼类单独聚为一支,与哺乳动物、两栖动物及鸟类分开,硬骨鱼类中的SOC3b单独聚为一支,红鳍东方鲀与其同科的黑青斑河豚Tetraodon nigroviridis的SOC3聚在一起,并与三刺鱼Gasterosteus aculeatus属于同一分支。本研究结果可为红鳍东方鲀免疫应答的研究提供数据支持。

应用iTRAQ定量蛋白质组学技术筛选无乳链球菌鱼源株与人源株差异表达蛋白下载：80 浏览：469

郭长明1 袁橙1 武彩红1 朱善元1 刘广锦2 陆承平2 刘永杰2 《水产研究进展》 2018年5期

摘要:

以斑马鱼和巨噬细胞作为体内、外感染模型，比较无乳链球菌鱼源株GD201008-001与人源株A909的致病性差异，利用iTRAQ技术和质谱分析技术进行差异表达蛋白鉴定，以期为揭示无乳链球菌不同宿主来源株致病机制提供新思路。实验通过测定菌株GD201008-001、A909的斑马鱼半数致死量和巨噬细胞吞噬率，比较二者致病性差异；提取全菌蛋白，经iTRAQ试剂标记后进行质谱鉴定，质谱数据用软件Mascot 2.2和Proteome Discoverer 1.4进行查库(Uni Prot数据库)鉴定及定量分析，并对差异蛋白进行GO功能注释和KEGG通路分析。结果显示，GD201008-001毒力显著高于A909；通过iTRAQ分析两株菌差异表达蛋白，发现差异蛋白涉及的生物学功能较为广泛，在鉴定出的368个差异表达蛋白中，GD201008-001中上调表达蛋白193个(比值>1.5)，下调表达蛋白175个(比值<0.667)。生物信息学分析预测这些蛋白主要涉及26个生物学功能，14个通路，推测Clp X、Glm S和Cps IVK可能在两株菌致病性差异中发挥重要作用。本研究为阐明无乳链球菌不同宿主来源株致病性差异奠定了基础。

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