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基于不同密度SNP面板的凡纳滨对虾AHPND抗性基因组预测准确性分析 下载:76 浏览:476
摘要:
为评估不同SNP标记密度对凡纳滨对虾AHPND抗性基因组预测准确性的影响,本实验对26个全同胞家系进行VpAHPND侵染,收集686尾个体的存活时间数据,对其中242尾个体利用液相芯片“黄海芯1号”(55.0KSNP)进行基因分型,基于A、G和H亲缘关系矩阵估计VpAHPND侵染后存活时间的遗传参数;采用随机和等距抽取方式,基于55.0KSNP构建了8个低密度SNP面板(40.0、30.0、20.0、10.0、5.0、1.0、0.5和0.1 K),利用GBLUP和ssGBLUP等方法预测VpAHPND侵染后存活时间的基因组育种值,利用交叉验证方法计算其预测准确性,并与BLUP方法进行对比分析。遗传参数估计结果显示,VpAHPND侵染后存活时间表现为高遗传力水平,估计值为0.68~0.79。在55.0KSNP密度下,针对242尾基因分型个体数据集(G242),利用BLUP、GBLUP和ssGBLUP方法获得的预测准确性分别为0.424、0.450和0.452,GBLUP和ssGBLUP比BLUP分别提升了6.13%和6.60%;针对686尾表型测定个体数据集(P686),利用BLUP和ssGBLUP方法获得的预测准确性分别为0.510和0.535,后者比前者提升了4.90%。对于8个低密度SNP面板,当SNP密度≥10.0 K时,基因组预测准确性变化幅度在G242和P686数据集中均较小(1.1%~1.8%);随着SNP密度自10.0K不断降低,基因组预测准确性在2个数据集中也不断降低,其中5.0K密度降幅为0.6%~2.6%、1.0K密度降幅为5.8%~11.0%、0.5K密度降幅为11.4%~17.2%、0.1K密度降幅为38.8%~41.6%。10.0K与55.0KSNP密度间基因组亲缘系数、GEBV的相关系数均高于0.99,表明利用10.0KSNP面板可以准确地预测同胞个体间的亲缘关系及其GEBV。研究表明,使用10.0SKNP面板对Vp AHPND侵染后存活时间进行基因组遗传评估可以得到与55.0KSNP芯片近似的预测准确性,为低密度SNP分型芯片设计提供了参考。
半滑舌鳎源哈维氏弧菌分泌蛋白HutZ的功能鉴定及免疫原性 下载:79 浏览:508
摘要:
哈维氏弧菌为我国海水鱼类养殖过程中的常见病原,为了进一步探究哈维氏弧菌的致病机制,本实验分别从前期筛选到的哈维氏弧菌强毒株H2LB1和弱毒株H1SAI3中提取胞外产物(ECPs),并通过蛋白质组学进行差异蛋白鉴定。从中选取了哈维氏弧菌强毒株特异性蛋白HutZ为研究对象,对其功能和免疫原性开展深入研究。首先利用qRT-PCR检测了哈维氏弧菌在不同铁源培养基培养条件下的HutZ基因表达量差异,进一步将克隆HutZ基因连接到原核表达载体上,并在大肠杆菌中成功表达出重组HutZ蛋白。将纯化的HutZ蛋白与血红素共孵育,检测发现该蛋白能够结合血红素并改变其光吸收峰。将HutZ蛋白乳化后免疫半滑舌鳎2次,以间接血凝法检测免疫后1—7周的血清效价,同时在免疫4周后进行攻毒检测其免疫保护率。研究表明,HutZ蛋白免疫后的半滑舌鳎抗体效价最高可达1∶128,攻毒免疫保护率达73.3%,说明HutZ蛋白可作为开发预防半滑舌鳎感染哈维氏弧菌的亚单位疫苗的有效候选抗原。
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