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尼罗罗非鱼高迁移率族蛋白4(TOX4)基因克隆及其在细菌感染过程中的表达特征
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摘要:
为了解析与胸腺细胞选择相关的高迁移率族蛋白4(tox high mobility group box family member 4,TOX4)在尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)响应无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)感染过程中的功能,利用聚合酶链式反应(PCR)克隆和鉴定尼罗罗非鱼TOX4基因(GenBank登录号:XP003458812)的开放阅读框(open reading frame, ORF)序列,对推导的TOX4氨基酸序列进行生物信息学分析,分析其亚细胞定位特征,以及在尼罗罗非鱼头肾淋巴细胞亚群的分布特征,并利用荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析TOX4基因在健康鱼各组织及响应无乳链球菌感染过程中的表达模式。结果表明:尼罗罗非鱼TOX4基因的ORF全长为2 004bp,编码667个氨基酸,预测TOX4蛋白的相对分子质量为69 060,理论等电点为4.69,无信号肽序列及跨膜结构,具有一个HMG保守结构域;亚细胞定位结果显示,TOX4蛋白主要表达于细胞核中;多序列比对及系统进化分析均显示,尼罗罗非鱼与斑马拟丽鱼(Maylandia zebra) TOX4氨基酸序列的同源性最高;qRT-PCR分析显示,TOX4基因在健康尼罗罗非鱼各组织中均有表达,且在血液中表达量最高;单细胞转录组数据分析显示,TOX4基因主要在尼罗罗非鱼非特异性细胞毒性细胞(nonspecific cytotoxic cell, NCC)和巨噬细胞(macrophage, Mφ)中表达;经无乳链球菌感染后,尼罗罗非鱼脑、头肾、肠道和脾脏中TOX4基因的表达量显著上调,并在感染后12h(脑、头肾、肠道)和48h(脾脏)达到峰值。研究表明,TOX4可能参与尼罗罗非鱼响应细菌感染的免疫应答过程。
刺参3个盐度相关microRNA及预测靶基因的表达模式分析
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摘要:
为研究低盐胁迫对刺参Apostichopus japonicus(16.38g±1.27g)体内离子浓度及钠钾ATP酶活力的影响,以及低盐胁迫与miRNA间的调控关系,试验取低盐度(18)胁迫0(对照)、6、24、48h时的刺参体腔液,测定其钠、氯、钾离子浓度及钠钾ATP酶活力。结果表明:低盐胁迫后,刺参体腔液中钠离子浓度在6h时显著升高(P<0.05),随胁迫时间的延长钠离子浓度有所降低,氯离子和钾离子浓度均显著低于对照组(P<0.05)且均在6h时浓度最低,钠钾ATP酶活力在6h时低于对照组,在24h时出现最低值;microRNAs(miRNAs)前体序列和成熟序列分析显示,miR-2011、miR-124和miR-2010均能形成稳定的茎环结构,序列相对保守;通过miRNAs与靶基因间的序列分析,获得3个差异表达的miRNAs(miR-2011、miR-2010和miR-124)及互作的靶基因;miR-2011、miR-2010和miR-124的miRNA表达量在盐度胁迫后均呈现上调,miR-2011和miR-2010的表达量在低盐胁迫48h时达到最大,分别为对照组(0h)的80倍和24倍;序列预测分析获得miR-2011的靶基因为PPM1L和PBK,miR-2010的靶基因为PPM1L,miR-124的靶基因为EGF3、IMPA1。研究表明,刺参miR-124、miR-2011和miR-2010 3个盐度相关的miRNAs序列相对保守,且在盐度胁迫后均能够被诱导表达,从而参与刺参盐度胁迫的响应过程。