为了探究马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)α-Tubulin基因在低温适应性中的作用，通过RACE克隆技术获得马氏珠母贝α-Tubulin基因，分析了α-Tubulin基因在低温胁迫下的表达趋势，并筛选和比较了马氏珠母贝耐低温选育系(R)F3和北部湾野生群体(W)的α-Tubulin编码区SNP位点。结果表明：马氏珠母贝α-Tubulin基因总长为2 107bp,可编码454个氨基酸，具有典型的Tubulin和Tubulin-C结构域；全组织定量显示，α-Tubulin基因在所有组织中均有表达，在足部中表达量最高(P<0.05);低温胁迫时，鳃组织中α-Tubulin基因在低温组(12、17℃)的表达量均在72h时达到最高，且显著高于对照组(22℃)(P<0.05);α-Tubulin外显子区域共有34个SNP,其中3个SNP位点的基因型频率在R和W群体间有显著性差异(P<0.05);连锁不平衡分析显示，R群体单倍型CCTCAGCGCC的频率明显高于W群体。研究表明，α-Tubulin为参与调节马氏珠母贝低温适应过程中的候选基因，筛选出的与抗低温性状相关的SNP位点g.111071125及优异单倍型CCTCAGCGCC,可作为选择育种的候选标记。