为分析鱼类肠道菌群在不同水域环境中的变化，利用16S rRNA高通量测序技术分析了鄱阳湖和青草沙水库大、小2种规格(体质量分别为100～130g、10～30g)短颌鲚(Coilia brachygnathus)(分别记为PYH-L、PYH-S、QCS-L和QCS-S)肠道菌群组成及多样性。结果表明：QCS-L和QCS-S肠道菌群平均OTU分别为524和472个，PYH-L、PYH-S肠道菌群平均OTU分别为466和567个；QCS-L肠道菌群Shannon和Simpson多样性指数均比PYH-L的高，而QCS-S肠道菌群的Shannon和Simpson指数则比PYH-S的低；在不同水域短颌鲚肠道中，每个门类的细菌丰度差异较大，在属水平上伯克霍尔德菌属(Burkholderia)为差异性最大的菌群。研究表明，短颌鲚在不同水域中肠道菌群多样性和丰度的明显差异，极有可能是两地短颌鲚生活史、食性转变和水环境差异造成的。