在20世纪中国史学进程中,陈垣是宗教史研究的开拓者,他研究的范围广泛、著述宏富,善于以缜密考证解决疑案、贯通史实,对宗教和历史问题作出综合的分析和解释。陈垣主张宗教平等和信仰自由,深入阐述信仰自由的根据以及尊重个人信仰自由的意义;他坚持宗教平等的立场,批评历史上宗教间的相互攻击和倾轧的现象,主张各教要和平共处、互相学习,学者应客观公正地对待不同宗教。他注意揭示宗教与政治的密切联系,以大量史实论述宗教盛衰与政治变化的关系,指出是否妥善处理宗教问题也会影响政治的稳定。他从宗教与儒学、宗教与文学艺术、宗教与地方文化、宗教与士人阶层等角度,分析宗教对文化发展的贡献以及本土文化对外来宗教的影响和改造。他深刻论述宗教史籍重要的史学价值,以大量实例,阐明宗教史籍不仅是研究宗教史的文献,对于研究政治史、文化史、经济史也有重要的补史和考史作用。