学术共同体是以学术研究为导向,基于一定学术规范与共同诉求在相应的组织内形成的有机群体。院系作为高校的二级学术行政组织对学术共同体的建设发挥至关重要的作用。目前院系治理视域下的学术共同体建设面临权力结构失衡、学术规则制约、不同流派利益之争等阻碍。院系应更新治理理念,以协商共治平衡学术共同体间权力,以合作研究规则推动学术共同体发展,以交往互动促进学术共同体目标达成。