本文根据南京市农村污水治理现状和调查评估结果,分析了农村污水治理系统复杂性的特点,论述了缺少合理顶层设计和充分准备条件下,依靠国家投资和地方政府推动执行的治理模式所产生的问题。并针对存在的问题,提出了结合地理地貌特征、经济区位和人文特点,兼顾个性与共性,公共资源整合的措施。表明通过构建法律监督、行政管理、经济运作、技术支撑、运维管理的保障体系,可实现农村污水有效治理和长效运维。