随着生态环境保护的传统行政执法体制中存在的多头执法、多层执法弊端的日益凸显，进一步推动了综合行政执法改革的实施和推行，其能够通过综合执法机构的科学设置，综合执法队伍的高效整合，使我国生态环境治理能力有效提升。但现阶段在生态环境保护综合行政执法中，仍因存在的现实困境，而使综合行政执法效用难以充分发挥。本文就现阶段生态环境保护综合行政执法的现实困境进行分析，并对相关的完善策略进行探讨。