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亚洲草鱼群体的差异甲基化分析
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摘要:
为探究水产养殖过程中DNA甲基化对亚洲草鱼群体人工驯化与环境选择适应的影响,本实验对亚洲范围内8个地区的养殖和野生草鱼群体进行了全基因组甲基化测序,测序序列经质控后比对到草鱼参考基因组上,并进行差异甲基化分析和功能富集分析。结果显示,甲基化测序共获得308.15Gbp测序数据,平均测序深度31×,平均比对率62.97%。对5个养殖群体分别与野生背景群体间进行差异甲基化分析,共发掘出76422个差异甲基化位点、3737个差异甲基化区域、1950个差异甲基化基因。功能分析发现,差异甲基化基因被注释到血管生成、神经嵴细胞迁移、T细胞分化、颅骨系统发育、肌肉细胞发育等GO功能分类中。KEGG代谢途径富集分析的结果显示,差异甲基化基因主要参与细胞黏附连接、Notch信号通路和Wnt信号通路等代谢途径。在这些功能注释的基因中,有许多与神经、免疫、骨骼和肌肉等组织发育相关的重要基因,如sema3d、sema5bb和nrg2a等。本研究进一步对表观遗传修饰在草鱼人工驯化和环境选择适应作用机制的探究奠定了基础,为保存和科学利用草鱼种质资源提供了有价值的遗传基础数据。
长牡蛎Htatip2的表达及其在不育三倍体雌性中的DNA甲基化
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摘要:
为探究DNA甲基化在长牡蛎性腺发育中的表观遗传调控机制,对长牡蛎Htatip2的同源性、系统进化、组织表达以及三倍体性腺可育型和不育型不同发育时期的基因表达和DNA甲基化谱进行了研究。结果显示,长牡蛎Htatip2的保守结构域与美洲牡蛎的Htatip2-like的保守结构域同源性最高。qPCR分析显示,Htatip2在各个组织中均有表达,其中在雌性性腺中的表达量最高。此外,该基因的表达量在可育型三倍体牡蛎性腺中随着性腺发育成熟而升高,在不育型三倍体牡蛎性腺中表达量变化不显著。BS-PCR分析显示,该基因的甲基化水平随着性腺发育成熟而降低,与基因表达水平成负相关性。双荧光素酶报告结果显示,甲基化的Htatip2启动子片段与未甲基化的片段相比,显著抑制了荧光素酶的活性。研究表明,长牡蛎Htatip2的DNA甲基化可能通过抑制基因表达参与了性腺成熟调控。本研究为表观遗传调控机制参与牡蛎性腺发育提供了重要参考依据。
结肠癌患者血浆及粪便中APC基因启动子甲基化检测及其临床意义
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摘要:
目的 研究结肠癌患者血浆及粪便中APC基因启动子甲基化检测及其临床意义。 方法 选择我院2021年1月-2023年1月期间收入的150 例健康查体者作为对照组,以及150例诊断明确的结直肠癌患者作为研究组,留取上述两组外周血和粪便,应用甲基化特异PCR(Methylation specific PCR,MSP)对上述标本进行APC基因启动子DNA甲基化检测,判断各组标本启动子的甲基化水平。 结果 150例结肠癌患者中,存在84例癌组织中检测到APC基因启动子区存在甲基化改变,剩下66例未检测出APC基因启动子区甲基化改变。150例结肠癌患者组织为阳性的患者中,有69例血浆中检测出阳性,阳性率达 46.00%;150例健康者的血浆中均没有检测到APC基因启动子甲基化阳性,其特异性为100%。43例血浆APC基因启动子甲基化阳性的肺癌患者其血浆甲基化APC浓度范围为1.61x102-6.98x102拷贝/mL,中位浓度为1.78x103拷贝/mL。 结论 MSP检测血浆APC基因甲基化在结肠癌诊断中具有一定潜在意义,对患者诊断具有一定帮助。
前列腺癌患者血清 PCDH17 甲基化检测及临床意义
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摘要:
目的:探讨前列腺癌患者血清中 PCDH17 基因启动子甲基化水平对前列腺癌患者早期诊断的价值。方法: 用甲基化特异性 PCR 法分析 24例前列腺癌患者和 26例前列腺增生患者的血清样本中PCDH17基因甲基化水平,并分析血清中PCDH17 基因甲基化水平与前列腺癌患者相关临床资料的关系。结果: 前列腺癌患者血清样本24例中检测出PCDH17甲基化阳性14例(58.3%),所有26例前列腺增生患者血清样本中PCDH17甲基化检测阴性,差异有统计学意义(P<0.05)。通过卡方检验评估PCDH17甲基化与临床病理特征之间的关系,数据分析表明前列腺癌患者血清中PCDH17甲基化阳性率明显较高。此外,PCDH17甲基化与晚期病理阶段、更高的格里森评分、更高的术前PSA水平显著相关。结论: 前列腺癌患者血清中PCDH17甲基化阳性率较高,而在前列腺增生患者中为阴性,其作为前列腺癌早期诊断具有一定的价值。
去甲基化药物治疗老年急性髓系白血病的效果
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摘要:
目的:对老年急性髓系白血病(Acute myeloid leukemia,AML)患者实施不同药物治疗方法(一种为传统化疗方法、一种为去甲基化药物治疗方法、一种为姑息治疗方法),再分析不同药物对老年AML患者的临床治疗效果。方法:将在本院接受治疗的51例老年AML患者纳入研究,此次研究时间在2020年1月1日开始,并且在2022年12月31日内结束。随机分为三组,一组采用传统化疗方法,与此同时将其作为传统化疗组,共纳入17例老年AML患者;一组采用去甲基化药物治疗方法,与此同时将其作为去甲基化药物组,共纳入17例老年AML患者;一组采用姑息治疗方法,与此同时将其作为姑息治疗方组,共纳入17例老年AML患者。结果:从三组老年AML患者的临床治疗总有效率来看,最终结果显示去甲基化药物组表现出比其他两组更高的情况(P<0.05)。从三组老年AML患者的不良反应发生率、骨髓原始血细胞、骨髓原始粒细胞、早幼粒细胞来看,最终结果显示去甲基化药物组表现出比其他两组更低的情况(P<0.05)。从三组老年AML患者治疗前的血小板水平、白细胞计数、血红蛋白水平以及免疫细胞指标来看,显示三组之间并无差异((P>0.05);治疗之后发现去甲基化药物组老年AML患者的血小板水平、血红蛋白水平明显比其他两组更高(P<0.05),去甲基化药物组白细胞计数则表现出比其他两组更低的情况(P<0.05)。结论:对老年AML患者实施去甲基化药物治疗后所获得的临床效果高于传统化疗和姑息治疗,与此同时具有较高安全性,积极改善骨髓血细胞水平,提高血小板水平、血红蛋白水平以及降低白细胞计数。