目的：对药品中污染微生物进行检定时自动化检测设备在其中的具体应用进行探讨；方法：使用生理生化以及分子生物学两种原理不同的设备比较菌株；结果：比较之后发现快晒设备A鉴定结果更为准确，但检测范围受到限制且成本投入较高，可用于应急检验；而实际运用中，微生物全自动生化鉴定仪Ｂ可检验革兰阳性菌和革兰阴性菌，成本投入低但效果不佳；基因测序仪Ｃ检测精准程度较高，但成本高昂；结论：不同类型的设备都有不足以及优势，实际应用需结合具体情况而定，充分发挥设备具有的作用。