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沱江中游鱼类资源现状及多样性
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摘要:
为探究“十年禁渔”前沱江中游江段鱼类资源和物种多样性,于2017—2020年对该江段鱼类资源进行了8次调查,并对鱼类种类组成、生态类型、群落相似度、种群优势度、生物多样性以及群落结构稳定性等特征进行分析。结果显示,本次调查共采集鱼类87种,隶属于5目14科52属。其中,长江上游特有鱼类18种,外来物种6种,分别占总种类数的20.69%和6.90%。鱼类群落以底层、缓流型、产沉性卵、杂食性鱼类为主。相对重要性指数(IRI)显示,蛇、鲤等中小型鱼类为优势种。Shannon-Wiener指数、Simpson指数、Margalef指数、Pielou指数变化范围分别为2.700~3.742、0.873~0.968、5.374~11.323、0.737~0.887,表明沱江中游鱼类群落分布均匀。等级聚类分析(Cluster)和非度量多维尺度分析(NMDS)显示,在一定的相似性水平上,沱江中游江段鱼类的群落类型基本可分为3组,莲花山、麻柳坝工业园与铁路沟可以聚为一组,万古庙、五里店水电站、资州大桥、银山镇、二水厂与西林渡口聚为一组,沱桥独立成组。数量/生物量比较曲线分析结果显示,西林渡口和沱桥江段鱼类群落结构稳定性相对较高,其余江段鱼类群落结构均受到中度干扰。研究表明,与历史资料相比,沱江中游鱼类群落发生了显著变化,经济鱼类占比减少,鱼类个体呈现小型化和低龄化。本研究补充了沱江中游鱼类资源现状的基础数据,以期为该江段鱼类资源管理与“十年禁渔”生态评估提供科学依据。
免疫增强剂对紫贻贝的毒素蓄积、抗氧化和免疫影响
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摘要:
为筛选影响紫贻贝中氮杂螺环酸毒素蓄积的免疫增强剂,设置添加维生素C(维生素C钠粉333.00mg/L)、大黄素、花生四烯酸(6.66mg/L)和黄芪多糖(333.00mg/L)共4个处理组,评估不同组别紫贻贝[体质量(7.14±1.05)g]抗氧化功能和非特异性免疫指标的变化。试验结果显示:各免疫增强剂对紫贻贝存活率无影响(P>0.05),暴露期间紫贻贝软组织质量先降后升,除花生四烯酸组外其他处理组与对照组无显著性差异(P>0.05)。免疫增强剂均影响内脏团中毒素蓄积而对毒素代谢无影响。各组别最高毒素蓄积量为对照组1235.33μg/kg>维生素C组1153.12μg/kg>大黄素组755.74μg/kg>花生四烯酸组568.72μg/kg>黄芪多糖组141.43μg/kg。大黄素组、花生四烯酸组、黄芪多糖组氮杂螺环酸毒素含量分别为对照组的61.2%、46.0%和11.5%。添加黄芪多糖和花生四烯酸后,紫贻贝内脏团中超氧化物歧化酶活性显著升高(P<0.05),丙二醛含量显著降低(P<0.05),同时提高了非特异性免疫标志物溶菌酶含量和酸性磷酸酶活性。试验结果表明,花生四烯酸和黄芪多糖显著提高毒素蓄积过程中紫贻贝抗氧化和非特异性免疫能力。
不同营养水平对鳜幼鱼糖异生和糖原分解的影响
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摘要:
为探究正常投喂、葡萄糖注射和饥饿3种不同营养水平对鳜内源葡萄糖生成途径的影响,测定正常投喂、葡萄糖注射和饥饿3个试验组鳜的血糖含量、肝糖原含量、胰岛素水平、胰高血糖素水平及糖异生关键酶磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、果糖-1,6-二磷酸酶、葡萄糖-6-磷酸酶和糖原磷酸化酶活性,以及各酶基因mRNA相对表达水平。结果显示,正常投喂组血糖、肝糖原含量均出现显著升高;胰岛素水平显著升高,胰高血糖素水平显著降低。糖异生关键酶活性无显著变化,糖原磷酸化酶活性受到抑制;果糖-1,6-二磷酸酶、糖原磷酸化酶基因表达水平受到抑制。葡萄糖注射组血糖、肝糖原含量显著升高;胰岛素水平显著升高、胰高血糖素水平显著降低;磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶活性受到抑制,果糖-1,6-二磷酸酶、葡萄糖-6-磷酸酶活性不受抑制,糖原磷酸化酶活性受到抑制;磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、果糖-1,6-二磷酸酶、葡萄糖-6-磷酸酶基因表达水平无显著变化,糖原磷酸化酶基因表达水平受到抑制。饥饿5、10d,血糖水平糖原磷酸化酶活性显著升高,磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、果糖-1,6-二磷酸酶、葡萄糖-6-磷酸酶活性无显著变化;糖原磷酸化酶基因表达水平显著升高,磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、葡萄糖-6-磷酸酶基因表达水平显著升高;饥饿15d,磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、果糖-1,6-二磷酸酶、葡萄糖-6-磷酸酶活性显著升高,糖原磷酸化酶活性下降至饥饿前水平;磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、果糖-1,6-二磷酸酶、葡萄糖-6-磷酸酶基因表达水平显著升高,糖原磷酸化酶基因表达水平显著下降。结果表明,正常摄食的鳜血糖水平显著升高,糖异生途径无显著变化,糖原分解途径显著抑制。0~6h血糖升高,推测为食物消化吸收所致,6h到达“高血糖”峰值。6~16h食物消化吸收继续,葡萄糖吸收后,糖原合成明显提高,从而维持血糖平衡。由于血糖水平高,同时,糖原分解途径抑制(糖原磷酸化酶活性0~12h下降)。6h血糖最高,反映了鳜鱼维持“血糖平衡”的时间,如果血糖继续升高,可能会引起机体生理异常。故血糖水平对鳜糖异生和糖原分解途径影响不同,糖异生与糖原分解途径受血糖水平调节。
禁捕初期长江下游鱼类群落现状分析及禁渔效果初步评估
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摘要:
为了解禁捕初期长江下游鱼类群落结构特征,实验于2021年春季、夏季、秋季和冬季对长江下游鱼类群落进行4次调查。结果显示,实验共采集鉴定鱼类84种,分属10目18科63属,其中47.62%为鲤科鱼类。以物种数和多样性指数分析群落多样性特征,结果表明长江下游鱼类多样性水平较高,但鱼类种类较历史记录偏少。单因素方差结果显示,鱼类种类数、种群数量和重量空间差异显著,季节差异不明显。群落优势种为光泽黄颡鱼、鳊、鲢、短颌鲚、贝氏等9种。4种摄食功能群中,肉食性(47.62%)和杂食性(40.47%)鱼类物种比例较高;洄游习性方面,淡水定居性鱼类占绝对优势(76.19%);3种栖息水层类型中,底层鱼类物种数比例较高(46.43%)。大型经济鱼类占总量比例低,但个体相对较大,因而相对重要性指数(IRI)更高。长江下游鱼类多样性指数为3.28,水域鱼类多样性水平较高。长江下游鱼类个体小型化、低龄化现象依然存在,长江十年禁渔实施后,禁渔效果初步显现,鱼类物种数、多样性指数和单位捕捞努力量渔获量均有所增加。建议进一步加强禁捕期科研监测,加大监管力度,保障长江下游鱼类资源得以有效恢复,巩固禁捕成效。本研究可掌握禁捕初期长江下游鱼类群落基本特征及变动趋势,为长江下游禁渔效果评估和长江水生生物完整性指数评价提供支撑。
夏、秋季浙江南部近海带鱼摄食习性分析
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摘要:
鱼类摄食生态研究是海洋食物网营养动力学的主要研究内容之一,鱼类的摄食习性不仅受自身发育的影响,而且也受多种环境因素的影响。2019年8月和11月在浙江南部近海进行了渔业资源调查,共采集带鱼样品599尾,通过胃含物分析研究带鱼的食物组成及其随季节和肛长的变化,并应用典范对应分析研究带鱼摄食习性与环境因子的关系。研究结果显示,以相对重要性指数百分比的排序来看,浙江南部近海带鱼主要以鱼类、浮游幼体、等足类和磷虾类为食,摄食的饵料生物达60余种,优势饵料种类为短尾类大眼幼体、七星底灯鱼和太平洋磷虾等。此外,带鱼的摄食习性随季节和肛长发生明显变化,在夏季,带鱼摄食鱼类、浮游幼体和等足类的比例较高;秋季则主要摄食鱼类和虾类。随着肛长的增大,带鱼从摄食浮游幼体等小型饵料为主逐渐转变为摄食个体较大的鱼类饵料为主。典范对应分析结果表明,pH、海水表层温度和盐度与浙江南部近海带鱼的摄食习性有较大的相关性。研究结果进一步丰富了对浙江南部近海带鱼摄食习性的了解,可为该海域基于生态系统的渔业管理提供基础资料。
基于线粒体DNA控制区序列的极边扁咽齿鱼群体遗传研究
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摘要:
极边扁咽齿鱼是黄河上游特有的裂腹鱼类,由于人类活动的加剧,使其野生数量急剧下降,近年来通过增殖放流的方式为野生资源量进行补充。为评价增殖放流过程中人工繁育群体对野生群体的种质资源的影响,笔者利用线粒体DNA控制区(D-loop)序列来探究极边扁咽齿鱼野生和养殖的4个群体遗传多样性、遗传分化及遗传结构的差异。研究结果显示,4个群体均表现出了较高的单倍型多样性(0.950±0.011)和较低的核苷酸多样性(0.00987±0.00041),并且野生群体的单倍型数目、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均高于人工繁育群体。遗传结构分析结果显示,野生群体与人工繁育群体之间已产生了一定的遗传分化。中性检验表明,2个野生群体可能经历过种群扩张事件。研究结果表明,极边扁咽齿鱼人工繁育群体可能受到亲本数量有限、人工选择等影响,遗传多样性略有降低,有必要定期开展增殖放流效果的评估,并采用科学的人工繁育方法,丰富极边扁咽齿鱼种群的遗传多样性。
禁捕后长江鱼类资源监测的技术指标建议
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摘要:
为了确定监测时长、监测网具、站位布局对禁捕后长江鱼类资源监测评估的有效性,于2021年5—7月在长江中游10个站位开展了鱼类资源捕捞监测,每个站位连续监测15d,从日捕获量、物种记录数、渔获物群落结构等3方面着手,对监测时长、监测网具、站位布局等的设置进行探讨。结果显示,连续11d捕捞监测所得累计日均渔获量基本达到稳定,连续15d捕捞监测可以记录到站位近70%的鱼类种类数,所得累计鱼类群落结构基本达到稳定。网具类型、规格的使用覆盖对监测结果中鱼类种类记录数、鱼类群落结构有明显影响,网具使用量对监测结果中日均渔获量有明显影响。10个监测站位间的鱼类群落结构具有明显差异,结合监测站位间的空间距离来看,鱼类群落结构具有较高的空间异质性。研究表明,为了保障评估结果的准确性,基于原始监测数据进行相关评估之前,有必要对监测数据的充分性、有效性进行检验,网具类型、规格和使用量对监测结果的影响应予以适当考虑,各具体江段的鱼类群落结构评估应由相应具体江段的监测结果来支撑。本研究将为长江流域重点水域全面禁捕后的水生生物资源监测评估提供科学支撑。
鱼类原始生殖细胞发育与生殖操作技术研究进展
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原始生殖细胞是胚胎发育过程中最早建立的一群生殖干细胞,是有性生殖动物生殖发育的基础。鱼类原始生殖细胞特化遵循“先成论”的模式,早期胚胎发育过程中获得母源生殖质组分的细胞特化为原始生殖细胞,特化形成的原始生殖细胞需要维持其生殖干细胞命运,并经过长距离迁移最终到达性腺原基的位置。原始生殖细胞特化、迁移和命运维持过程受到多种基因和信号通路的综合调控。研究鱼类原始生殖细胞发育不仅有助于深入理解脊椎动物细胞特化、迁移和命运维持等基本生物学过程的调控机理,而且是开发新的养殖鱼类生殖控制和生殖干细胞移植技术的重要基础。本文概述了鱼类原始生殖细胞发育的基础理论以及生殖操作技术研究进展,并展望了未来的发展趋势,以期为开发重要养殖鱼类优良种质创制新技术提供参考。
浙江滩涂贝类种业科技创新发展及展望
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大菱鲆MKK基因家族全基因组鉴定及其在生物和非生物应激下的表达分析
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为了阐明大菱鲆丝裂原活化蛋白激酶激酶(mitogen-activated protein kinase kinases,MAPKKs或MKKs)基因家族在生物和非生物应激响应中的作用,本实验首先通过生物信息学方法对大菱鲆MKK基因家族进行了全基因组水平的鉴定,利用多个应激相关转录组数据集分析了大菱鲆MKK家族成员在不同组织及不同生物和非生物应激下的表达模式。结果显示,本研究在大菱鲆全基因组水平上共鉴定出9个MKK基因家族成员,它们不均匀地分布在7条染色体上,并分别对其编码蛋白的理化性质、蛋白二级结构和亚细胞定位进行了预测。基于系统发育分析,将SmMKKs划分为5个亚家族。内含-外显子结构、保守基序和多重序列比对分析结果不仅为大菱鲆MKK亚家族分类提供了证据,而且表明SmMKKs在进化上高度保守。SmMKKs在不同组织及不同生物和非生物应激下的基因表达模式分析表明,SmMKKs具有明显的组织特异性表达。另外,结果显示,粘孢子虫和肿大细胞病毒感染后,SmMKK6a呈极显著差异表达;热应激处理后,SmMKK6a呈极显著差异表达;高盐或低盐胁迫后,SmMKK4a、SmMKK4b、SmMKK6a和SmMKK7呈极显著差异表达。SmMKK6a在各种应激条件下均表现出极显著响应,表明其可能在综合抗应激中具有潜在的作用。这可能是第一个对大菱鲆MKK基因家族进行系统识别和功能分析的研究。以上研究结果不仅表明MKK基因家族在大菱鲆响应多种生物和非生物应激中发挥重要作用,而且也为大菱鲆综合抗逆分子选择育种研究提供了重要的理论支撑。
吕泗渔场经济鱼类的微塑料污染特征
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为研究微塑料污染对中国近海鱼类的潜在危害,以江苏省吕泗渔场经济鱼类为例,通过检测其胃中微塑料的丰度、形状、颜色、粒径和聚合物成分,分析了鱼类微塑料污染的种间差异,以及微塑料丰度与鱼类体长、体质量和所处营养位置的关系。结果表明:286尾鱼类样品体内均存在微塑料,平均丰度为(2.46±1.42)个/尾,平均粒径为(2.18±0.43)mm;微塑料主要呈蓝色纤维状,聚对苯二甲酸乙二醇酯(PET,83.9%)是主要的聚合物类型;微塑料丰度与鱼类体长、体质量和营养位置间无显著相关性(P>0.05),也未发现微塑料在鱼体内发生生物放大现象。研究表明,微塑料在调查区域中普遍存在,鱼类的体型、食性及栖息水层对其摄入微塑料的过程影响最为显著。
青海湖裸鲤肠道菌群对不同盐度胁迫的响应
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为了探讨盐度胁迫对青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)肠道菌群结构的影响,基于三代全长16S扩增子测序技术,对不同盐度(0、5、10、15)下青海湖裸鲤肠道内容物进行微生物测序及信息分析。结果表明:在门水平上,不同盐度组青海湖裸鲤肠道菌群的相对丰度不同,对照组(盐度0)和低盐度组(盐度5、10)肠道菌群中,相对丰度较高的是梭杆菌门(Fusobacteria)和变形菌门(Proteobacteria),其次是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),疣微菌门(Verrucomicrobia)、放线菌门(Actinobacteria)和浮霉菌门(Planctomycetes)等也占有一定比例,高盐度组(盐度15)中以变形菌门、拟杆菌门、浮霉菌门和疣微菌门为主要菌群;在属水平上,对照组和低盐度组肠道菌群中鲸杆菌属(Cetobacterium)和气单胞菌属(Aeromonas)相对丰度较高,其次是弧菌属(Vibrio)和希瓦氏菌属(Shewanella),高盐度组中以弧菌属、假红杆菌属(Pseudorhodobacter)和卤蕨属(Haloferula)为主要菌群。研究表明,低盐度(盐度≤10)胁迫对青海湖裸鲤肠道菌群结构的影响不大,而高盐度(盐度≥15)胁迫则会抑制青海湖裸鲤肠道菌群和优势菌群的生长且影响较大。
棘皮动物弧菌诱导中间球海胆免疫致敏现象分析
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为探究中间球海胆(Strongylocentrotus intermedius)是否存在免疫致敏现象,使用棘皮动物弧菌(Vibrio echinoideorum)对中间球海胆进行重复感染(首次、二次菌浓度分别为10~3、10~4CFU/mL),检测并比较了两次注射感染后不同时间点中间球海胆体腔细胞密度、吞噬能力、酸性磷酸酶(ACP)活力、活性氧(ROS)含量、总抗氧化能力(T-AOC)等相关免疫指标的变化,以及二次感染后免疫致敏组和对照组间成活率的差异。结果表明:与首次感染相比,二次感染时诱导致敏组的体腔细胞总密度、吞噬细胞密度、ACP、ROS和T-AOC等均出现显著上升(P<0.05),且响应时间明显缩短,达到峰值的时间分别提前了36、36、84、12、36h,且各指标的峰值均显著高于首次感染(P<0.05);二次感染后,诱导致敏组在6h时的吞噬率(45.41%±6.39%)显著高于对照组(33.17%±1.94%);经过棘皮动物弧菌低浓度诱导后,诱导致敏组存活率(43.33%±10.00%)显著高于未经诱导的阳性对照组(7.78%±10.71%)(P<0.05)。研究表明,低浓度棘皮动物弧菌能诱导中间球海胆产生免疫致敏现象,此结果可为中间球海胆的疾病防控提供新思路。
潜水推流器作用下大型圆形养殖池的流场特性
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为了探究潜水推流器作用下大型圆形养殖池内的水动力特性,利用研发的无人船搭载声学多普勒流速剖面仪(acoustic doppler current profiler, ADCP)系统现场测定了潜水推流器数量(n=2、4)对圆形养殖池不同水层(h=1.5,2.0,2.5m)流场分布特性的影响。结果表明:当推流器数量为2个时,大型圆形养殖池1.5、2.0、2.5m水层池边流速分别为0.4、0.3、0.1m/s,当推流器数量为4个时,1.5、2.0、2.5m水层池边流速分别为0.6、0.4、0.3m/s;水平方向上,养殖池流速随着池边缘距池中心距离的减小而逐渐减小,垂直方向上,流速随着水层深度的增加而逐渐降低;平均流速分布显示,无论利用2个还是4个推流器推流,都能在养殖池内产生旋转流,但高流速仅仅在养殖池边缘附近,且养殖池中心附近的流速接近于0,导致污物很难到达养殖池中心的排污口。研究表明,推流器数量与大型圆形养殖池不同水层流场分布特性密切相关,养殖池内不同水层的平均流速均随着推流器数量的增加而增大;圆形养殖池由中心到池壁均产生较为明显的流场分区现象,高流速区域分布在养殖池表层池壁附近;大尺寸圆形养殖池在初始水动力条件、推流器数量一定时,环流仅在池边产生,池塘中间位置产生环流较小。本研究结果可为大型圆形养殖池内潜水推流器布设方式的改进提供参考依据。
低氧胁迫和恢复对长吻鮠脑组织低氧应答基因、生理生化指标和食欲的影响
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为了解长吻鮠脑组织应对低氧胁迫的调控机制,实验运用酶活性测定、H.E染色、qRT-PCR和TUNEL检测等方法,分析比较了低氧胁迫[(0.8±0.1) mg/L] 0、2、4、6 h(标示为H0、H2、H4和H6)和恢复[(7.3±0.5) mg/L]2、4、6 h (标示为R2、R4和R6)下长吻鮠脑组织低氧应答基因、生理生化指标和食欲基因的变化。结果显示,在低氧胁迫和恢复下,长吻鮠脑组织氧传感蛋白相关基因(HIFs、PHDs和Vhl)表达量整体呈现出先上升后下降趋势;呼吸代谢酶(HK、PK和LDH)活性在H0时显著升高,SDH和MDH活性在H6时显著降低,恢复溶解氧后,代谢模式由无氧呼吸逐渐转变为有氧呼吸;抗氧化酶(GSH-Px、CAT和SOD)和应激指标(MDA和LPO)在低氧2 h后逐渐升高,恢复溶解氧后氧化应激现象仍然存在。观察脑组织形态发现,在低氧胁迫下长吻鮠脑组织出现了神经细胞肿胀、空泡等受损现象,恢复溶解氧6 h后脑组织受损并未得到有效改善。随着低氧时间延长,脑组织细胞凋亡程度不断增加,凋亡相关基因(Bax、Caspase-3和p53)表达量显著升高,而Bcl-2基因表达量降低,恢复溶解氧后较对照组仍有显著差异。另外,在低氧胁迫0 h和2 h时,长吻鮠摄食率分别下降54%和98%,检测到低氧胁迫能显著抑制促食基因(NPY)和诱导抑食基因(PYY、CCK和NUCB2)表达。研究表明,低氧胁迫和恢复对长吻鮠脑组织氧传感蛋白、呼吸代谢、氧化应激、结构形态、细胞凋亡以及食欲等指标均具有显著影响。本研究结果为阐明低氧胁迫和恢复下长吻鮠脑组织分子调控机制提供一定的理论依据,对今后开展该鱼集约化健康养殖和耐低氧新品种选育工作具有指导意义。
基于eDNA技术的密云水库鱼类群落结构及生态位变化分析
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为探究南水北调中线工程蓄水后新水域环境对鱼类群落的影响,采用eDNA宏条形码技术(environmental DNA metabarcoding)首次对密云水库鱼类群落结构及多样性的时空变化特征进行了分析,并结合生态位宽度Shannon-Winner(Bi)和重叠Pianka指数(Qik)研究了鱼类种群间的相互作用、共生共存及生态位分化的响应过程。结果表明:本次调查密云水库共检出86个鱼类物种eDNA信息,隶属14目21科68属,有3个鱼类eDNA信息仅注释到科、属级分类水平;鱼类主要栖息于水库底层(61.63%),以肉食性(43.02%)和杂食性(26.74%)摄食类型为主;PCoA分析显示,密云水库各采样点鱼类群落结构无显著性差异(P>0.05),Alpha多样性各项指数也无显著性差异(P>0.05);主要鱼类生态位宽度为1.15~9.25,均为中生态和广生态位种,其中,生态位重叠指数Qik>0.6的种对有517对,约占总种对数的14.15%;与历史资料相比,鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Aristichthys nobilis)、鲫(Carassius auratus)、鲂(Megalobrama terminalis)和鲤(Cyprinus carpio)等增殖放流鱼类仍为水库主要经济鱼类。研究表明,蓄水后营底栖、以肉食性和草食性为主要生活策略的水库鱼类对环境的适应能力较弱,且彼此之间竞争明显。
基于不同密度SNP面板的凡纳滨对虾AHPND抗性基因组预测准确性分析
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摘要:
为评估不同SNP标记密度对凡纳滨对虾AHPND抗性基因组预测准确性的影响,本实验对26个全同胞家系进行VpAHPND侵染,收集686尾个体的存活时间数据,对其中242尾个体利用液相芯片“黄海芯1号”(55.0KSNP)进行基因分型,基于A、G和H亲缘关系矩阵估计VpAHPND侵染后存活时间的遗传参数;采用随机和等距抽取方式,基于55.0KSNP构建了8个低密度SNP面板(40.0、30.0、20.0、10.0、5.0、1.0、0.5和0.1 K),利用GBLUP和ssGBLUP等方法预测VpAHPND侵染后存活时间的基因组育种值,利用交叉验证方法计算其预测准确性,并与BLUP方法进行对比分析。遗传参数估计结果显示,VpAHPND侵染后存活时间表现为高遗传力水平,估计值为0.68~0.79。在55.0KSNP密度下,针对242尾基因分型个体数据集(G242),利用BLUP、GBLUP和ssGBLUP方法获得的预测准确性分别为0.424、0.450和0.452,GBLUP和ssGBLUP比BLUP分别提升了6.13%和6.60%;针对686尾表型测定个体数据集(P686),利用BLUP和ssGBLUP方法获得的预测准确性分别为0.510和0.535,后者比前者提升了4.90%。对于8个低密度SNP面板,当SNP密度≥10.0 K时,基因组预测准确性变化幅度在G242和P686数据集中均较小(1.1%~1.8%);随着SNP密度自10.0K不断降低,基因组预测准确性在2个数据集中也不断降低,其中5.0K密度降幅为0.6%~2.6%、1.0K密度降幅为5.8%~11.0%、0.5K密度降幅为11.4%~17.2%、0.1K密度降幅为38.8%~41.6%。10.0K与55.0KSNP密度间基因组亲缘系数、GEBV的相关系数均高于0.99,表明利用10.0KSNP面板可以准确地预测同胞个体间的亲缘关系及其GEBV。研究表明,使用10.0SKNP面板对Vp AHPND侵染后存活时间进行基因组遗传评估可以得到与55.0KSNP芯片近似的预测准确性,为低密度SNP分型芯片设计提供了参考。
中华绒螯蟹Scarb1基因功能及其与生长性状的关联分析
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摘要:
为研究B类Ⅰ型清道夫受体(SCARB1/SR-BI)在中华绒螯蟹代谢、生长以及免疫等生物学过程中的分子功能,实验对中华绒螯蟹Scarb1的克隆及时空表达进行了分析,观察了RNA干扰该基因后的相关组织结构和类胡萝卜素含量变化,筛选了该基因的SNP标记并与生长相关性状进行关联分析。结果显示,中华绒螯蟹的Scarb1由2个外显子和1个内含子组成,开放阅读框为2415bp,编码805个氨基酸;系统进化分析显示中华绒螯蟹与三疣梭子蟹的氨基酸同源性高达80.51%,具有较高的物种间保守性。该基因在不同蜕壳时期的肝胰腺、肠道、血淋巴细胞、心脏、鳃和肌肉组织中均有表达,但在肝胰腺、肠道和血淋巴细胞中的表达量相对较高。RNA干扰Scarb1后,组织切片观察发现肝胰腺的肝小管管腔模糊并产生了部分空泡化结构,肠道内膜的肌肉层和黏膜下层处出现显著空洞现象;肝胰腺的颜色由黄色变成灰白色,其中的类胡萝卜素含量显著下降。在该基因的第一外显子筛选到1个SNP位点(C432T)与蜕壳后体重和壳长增长率存在显著相关性。本研究结果为Scarb1在中华绒螯蟹的遗传研究和育种应用提供参考。
不同气候模态下东太平洋赤道海域茎柔鱼的食性比较
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摘要:
为了解气候异常变化对茎柔鱼(Dosidicus gigas)摄食行为的潜在影响,采用基于形态学和DNA条形码技术的胃含物分析对东太平洋赤道海域不同气候模态(2017年的正常气候时期和2020年的La Ni1a事件发生时期)下的茎柔鱼饵料组成进行比较分析。结果表明:两种模态下,荧串光鱼(Vinciguerria lucetia)、朗明灯鱼(Diogenichthys laternatus)、翼足目(Pteropoda)和头足类是茎柔鱼的优势饵料生物,茎柔鱼在正常气候时期,还摄食褶胸鱼(Sternoptyx diaphana)和镜蛤属(Dosinia sp.),而在La Ni1a发生时期则会摄食墨西哥尾灯鱼(Triphoturus mexicanus)和尖菱蝶螺(Clio pyramidata);Amundsen图示法发现,茎柔鱼会摄食一些稀有饵料,属于高表型内贡献类型,是广食性鱼类;Shannon多样性指数分析显示,正常时期茎柔鱼的饵料组成多样性显著高于La Ni1a发生时期;NMDS分析显示,两个时期茎柔鱼存在一定食性分化,而La Ni1a发生时期茎柔鱼个体间食性差异更大;GII弦图及SIMPER相似性分析显示,不同气候模态下茎柔鱼的饵料差异主要体现在褶胸鱼和镜蛤属。研究表明,La Ni1a事件对茎柔鱼的摄食产生了显著影响。
具有双层路由注意力机制的YOLOv8血鹦鹉目标检测与追踪方法
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摘要:
为了检测观赏鱼类的行为及其健康状况,设计了一种具有双层路由注意力机制的血鹦鹉(Vieja synspila♀×Amphilophus citrinellus♂)目标检测模型YOLOv8n-BiFormer,该方法在YOLOv8n模型基础上添加了双层路由注意力以减少计算量和内存,添加了新的视觉通用变换器BiFormer以提升计算效率,并采用ByteTrack算法追踪血鹦鹉的运动轨迹。结果表明:使用YOLOv8n-BiFormer模型对血鹦鹉的检测准确率达到99.2%,召回率为93.7%,平均精度均值(mAP@0.5)为99.1%,相较于YOLOv8n模型分别提升了0.8%、1.4%、1.0%;使用该模型对水族箱中的慈鲷(Chindongo demasoni)进行检测追踪同样取得了较好的效果,慈鲷的检测准确率达到97.0%,召回率为93.4%,平均精度均值为96.5%,相较于YOLOv8n模型召回率和平均精度分别提升了1.8%和1.9%。研究表明,本文中设计的YOLOv8n-BiFormer模型具有通用性,在检测和追踪血鹦鹉和慈鲷目标方面均表现优异,消耗的计算资源较少,可部署在水族箱监控系统中,为观赏鱼信息记录自动化和智能化提供了可行的解决方案。