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荧光猝灭法结合分子对接研究胰蛋白酶与蒙花苷相互作用 下载：14 浏览：162

韩忠保1 李天乐1 苗瑞丹1 刘丽艳1 陈庆阳1 于湛1,2 《化学研究前沿》 2020年3期

摘要:
以荧光猝灭法与分子对接为主要研究手段,研究了在模拟生理条件下蒙花苷对胰蛋白酶荧光发射的猝灭作用,并探究了二者之间的相互作用类型与复合物的动力学稳定性。实验结果表明,pH 8.4时在不同温度下蒙花苷均可有效地猝灭胰蛋白酶的荧光发射,并且猝灭类型均为静态猝灭,即蒙花苷与胰蛋白酶间形成了稳定的复合物。使用双对数方程计算可知复合物为1∶1型,根据Van’t Hoff方程对不同温度下蒙花苷猝灭胰蛋白酶的光谱数据分析可知复合物的生成是熵增放热的自发过程。同步荧光光谱结果表明蒙花苷对胰蛋白酶的发光猝灭主要是通过影响其Trp残基的荧光发射实现的。分子对接研究表明蒙花苷可结合在胰蛋白酶表面由His57、Thr98、Gln175、Trp215、Gln192、Ser195等残基所形成的疏水性口袋中,并通过氢键、芳环堆积、疏水、静电吸引等弱作用与胰蛋白酶形成非共价复合物,蒙花苷与Trp215残基间存在明显的疏水与氢键作用,这些作用可减弱这个残基微环境的极性并最终导致其荧光发射的猝灭。30 ns分子动力学模拟表明胰蛋白酶与蒙花苷所形成的复合物具有良好的稳定性,验证了分子对接结果的稳定性和合理性。

夏天无对新型冠状病毒肺炎的网络药理学和分子对接研究 下载：59 浏览：399

吴晨魏 昀葛珊 高慧琴 《中医研究杂志》 2020年6期

摘要:
目的:通过网络药理学和分子对接方法讨论夏天无对新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)的作用机制。方法:通过TCMIP和GeneCards数据库检索得到COVID-19的疾病靶点,并在TCMSP数据库检索夏天无的成分并参照筛选标准:OB≥30%和DL≥0.18筛选活性成分,借助Swiss Target Prediction数据库检索其活性成分作用靶点,再通过VENNY2.1平台映射夏天无活性成分作用靶点和COVID-19疾病靶点的相同部分以获得重要靶点,并使用Cytoscape3.2.1软件将其与活性成分与重要靶点构建"中药-活性成分-重要靶点-疾病"网络以分析核心靶点和重要成分;同时,借助STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络以辅助筛选核心靶点;最终将核心靶点导入DAVID数据库和Cytoscape3.2.1软件,得到相关KEGG信号通路和Go生物过程并筛得核心成分。以此为基础,分析核心成分对SARS-CoV-2病毒的COVID-19(6y84)构型的分子对接情况。结果:1)检索得到723个与COVID-19相关的疾病靶点;2)检索得到夏天无含有8个活性成分,可作用于853个(400种)靶点;3)夏天无可作用于COVID-19的重要靶点75个;4)夏天无可作用于COVID-19的核心靶点35个;5)得到与核心靶点相关的KEGG通路共17条,其中P<0.01的重要信号通路共有4条,P<0.01的生物过程53条。核心成分可与COVID-19(6y84)形成构象能量较低、结构稳定的对接。结论:夏天无具备治疗COVID-19的成分物质基础,值得进一步研发。

基于网络药理学及分子对接研究健脾化浊调脂颗粒治疗非酒精性脂肪肝的分子作用机制 下载：71 浏览：497

吴娜1 毛祥坤2 徐驲1 于男2 刘中勇1 《中国中医药》 2020年6期

摘要:
目的通过网络药理学及分子对接技术探讨健脾化浊调脂颗粒(国家专利号ZL 201510430075.8)治疗非酒精性脂肪肝的具体分子机制。方法通过中国知网、TCMSP、BATMAN-TCM 3个数据库对健脾化浊调脂颗粒主要成分及潜在作用靶点进行收集。从DisGeNET数据库中寻找与非酒精性脂肪肝相关的疾病基因与潜在靶点进行映射,得出健脾化浊调脂颗粒治疗非酒精性脂肪肝最终作用靶标。将最终靶标输入STRING数据库得出"蛋白-蛋白"相互作用关系,并用Cytoscape软件进行可视化。输入DAVID数据库进行KEGG PATHWAY富集,得出其可能作用的分子机制并构建"活性成分-靶标-作用通路"网络图。将"蛋白-蛋白"互作图中排名前5位靶标蛋白与君药进行分子对接,以验证其治疗作用。结果通过网络药理学预测后发现,健脾化浊调脂颗粒中有117个有效成分可用于治疗NAFLD,其中涉及113个靶基因及包括AMPK、PPAR、FOXO、胰岛素抵抗等18个信号通路。通过分子对接发现,5个靶标蛋白与君药结合性较好。结论从分子对接技术揭示了健脾化浊调脂颗粒有直接治疗非酒精性脂肪肝的作用,从网络药理学角度初步揭示了其治疗非酒精性脂肪的分子机制,为后续的研究提供了基础。

基于系统药理学和分子对接研究薤白治疗冠心病的作用机制 下载：83 浏览：513

赵阳1 郑景辉2 徐文华1 赵新望1 《中国中医药》 2020年4期

摘要:
目的通过系统药理学和分子对接方法,对薤白治疗冠心病的作用机制进行研究。方法收集薤白的有效化合物;预测这些化合物对冠心病的作用靶点;对这些靶点进行PPI网络图的构建、GO富集分析和KEGG通路注释分析;将这些化合物与靶点进行分子对接。结果薤白共收集到11个有效化合物,作用于30个冠心病相关靶点。PPI网络图显示ALB、ACE、REN、MMP9、MAPK1、NOS3、F2、MMP2、SELE、PPARG为10个联系最多的靶点。GO富集分析显示出66个生物过程、22个分子功能、11个细胞成分,涉及雌激素反应、凝血、冠脉炎症、RAAS系统、抗氧化、稳定粥样斑块6个方面。KEGG通路注释分析显示出13条通路,其中6条通路与冠心病相关,分别是:Estrogen signaling pathway、PPAR signaling pathway、Complement and coagulation cascades、Renin-angiotensin system、HIF-1 signaling pathway and TNF signaling pathway。330组分子对接结果显示233组具有较好的结合活性。结论枳实薤白桂枝汤治疗冠心病具有多成分、多靶点的特点,可能通过抗凝血、稳斑块、抗氧化、抗炎症、降血脂、抑制RASS系统、增加NO保护、促进雌激素分泌8个方面发挥治疗冠心病的作用,且Estrogen signaling pathway是薤白作用冠心病的最主要通路。

黄颜木素与羟丙基-β-环糊精的主客体络合行为研究 下载：225 浏览：1070

梅燕飞1 周所鸾2 陶欣2 胡承诺2 钟雯雯1 马水仙（通讯作者）2 ​ 《国际教育论坛》 2024年6期

摘要:
以天然药物黄颜木素(FT)为客体，β-环糊精衍生物（HP-β-CD）为主体，采用饱和溶液法制备FT//HP-β-CD包合物。通过扫描电镜(SEM)和傅里叶红外光谱(FT-IR)对FT/HP-β-CD进行表征。利用紫外-可见吸收光谱法(UV-Vis)分析FT/HP-β-CD的包合比。采用核磁共振(1H-NMR、2D-NMR)及分子对接模拟等方法推测FT/HP-β-CD的包合模式。结果显示，包合物FT/HP-β-CD制备成功，包合比为1:1，其络合常数为1.6082×104 L/mol，FT从HP-β-CD的小口端H5端进入空腔内部，主客体之间主要以氢键作用力形成。本文为天然药物FT的应用提供了理论参考。
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