长牡蛎壳橙快速生长品系是结合群体选育与种内群体间杂交方法，以壳色性状和生长性状为选育指标，经过连续3代选育获得的新品系。本研究以第1代长牡蛎壳橙快速生长品系（G1）为亲本，采用巢式设计建立了48个混养家系，共获得863个个体。利用微卫星标记对混养家系进行了系谱分析，并基于REML法评估了长牡蛎壳橙快速生长品系壳色性状的遗传参数及与生长性状的相关性。结果显示，863个个体中，有851个个体被准确鉴定其所属家系；长牡蛎壳橙快速生长品系壳色性状颜色参数指标a*（红绿轴色品指数）、b*（黄蓝轴色品指数）和ΔE （色差）等均具中高等遗传力，大小依次为0.47±0.23、0.42±0.21和0.56±0.29。4个颜色参数指标间的遗传相关和表型相关范围分别为-0.79～0.86和-0.45～0.48。壳色性状与各生长性状的遗传相关和表型相关较低，分别为-0.33～0.17和-0.04～0.11。研究表明，在长牡蛎壳橙快速生长品系育种过程中，对壳色性状进行选育可以得到预期的改良效果。此外，壳橙性状与生长性状应分别作为目标性状进行协同选择，以实现同时改良两个性状的目的。本研究可为长牡蛎壳橙快速生长品系选育提供基础资料。

为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构，利用SSR-seq技术和15个微卫星位点，对1个家系选育群体（FP）、1个群体选育群体（IP）和1个未经选育的普通养殖群体（CP）的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示，15个微卫星位点共检测出112个等位基因，FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数（Na）分别为5.077、5.133和6.133个，平均有效等位基因（Ne）分别为2.816、2.873和3.638个，平均观测杂合度（H_o）分别为0.522、0.441和0.501，平均期望杂合度（He）分别为0.595、0.599和0.667，平均多态性信息含量（PIC）分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体（FP） He与H_o的差值（0.073）低于IP （0.158）和CP （0.166），平均固定指数（F）(0.115)低于IP （0.248）和CP （0.246）。3个群体间遗传分化系数(Fst)介于0.018～0.176，为中低等程度的遗传分化。分子方差分析（AMOVA）结果显示，3个群体的遗传变异主要源于个体间。主成分分析（PCoA）和聚类进化树结果均显示，3个群体之间的亲缘关系较近，其中IP群体遗传分化程度最高。研究表明，3个中间球海胆群体均具有较高的遗传多样性，多代家系选育和群体选育均未明显降低群体的遗传多样性，家系选育更有利于保持群体的杂合度和控制群体的近交水平，群体选育则会提升群体的遗传分化程度。

遗传多样性下降被认为是水产生物经济性状降低的常见原因。虎龙杂交斑作为养殖规模最大的石斑鱼品种，近年来病害增多。为了探究是否是由于群体遗传多样性的改变而影响虎龙杂交斑的养殖性状，本研究选用27个EST-SSRs标记，对苗种主产区6个虎龙杂交斑群体进行了遗传多样性和群体遗传结构分析。结果显示，6个群体其平均等位基因数（Na）为6.666 7～8.555 6，平均有效等位基因数（Ne）为3.511 6～3.959 0，平均观测杂合度（H_o）为0.764 6～0.794 3，平均期望杂合度（He）为0.709 1～0.750 4，平均多态性信息含量（PIC）为0.662 2～0.706 4。分子方差分析（AMOVA）结果显示，5.70%的遗传变异来自群体间，0.00%来自群体内个体间，94.3%来自所有个体间。主坐标分析（PCo A）也显示差异主要来源于个体。群体间遗传分化指数(Fst)、遗传距离及聚类分析结果显示，HB和XC群体先聚为一支，再与翁田（WT）群体聚为一支，感城（GC）和桥头（QT）群体聚为一支，冯坡（FP）群体为独立一支。遗传结构分析显示，所有样本被分为5 （K=5）个理论群体，会文博鳌（HB）群体由FP、WT、新村（XC）和GC群体集合而成。研究表明，杂交石斑鱼群体仍具有较高的遗传多样性，具有清晰的分群，杂交品种受亲本近交影响而出现衰退的可能性不高；病原生物的变异和养殖管理不规范可能是导致病害频发的原因。本研究为石斑鱼种质管理和病害防控提供了理论依据。