地方应用型高校科研经费有着与其办学特色相应的经费特征，横向课题经费为其科研经费主要来源，建立和完善与其相适应的高校科研经费管理的内部控制管理制度，加强科研经费成本核算、合理编制预算，严格控制科研投入与产出经费的使用比例，创新科研经费管理和使用方式，制定科学合理、宽松有效的科研经费管理办法，最大限度地激励科研人员的研究热情，可防止经费结余过多和套取科研经费、提高经费使用效率，防范风险发生，更好地完成科研目标任务。