为了选择出适合使用eDNA技术对长江上游鱼类多样性进行研究的通用引物，本研究选择10对扩增序列位于12S rRNA、16S rRNA、Cytb和COⅠ基因片段的常用引物，分别为Mifish-U、AcMDB07、Teleo、12SPv、Fish16S1、Ve16S1、PSI、G、VeCB1、FishCB，对长江上游常见的32种鱼类和3种其他水域鱼类肌肉组织提取的DNA扩增。结果显示，有6对引物均能扩增出全部35种鱼类，但引物Mifish-U的扩增效果最好。进一步使用引物Mifish-U对长江上游屏山县、涪陵区和巫山县3个采样点的水样eDNA进行高通量测序，共检测到80种鱼类，包括本研究使用的32种长江上游鱼类，其辨别度较高。使用引物Mifish-U对室内养殖3种鱼类的水样eDNA进行高通量测序后定性定量分析，结果显示黄颡鱼和鲤的生物量与序列数相关性显著，引物Mifish-U进行eDNA定量分析的潜力较大。研究表明，引物Mifish-U更适合作为eDNA研究长江上游鱼类多样性的通用引物。本研究可为利用eDNA技术监测长江上游鱼类多样性的引物选择提供参考。

为了解长江上游江安段鱼类繁殖状况，于2022年4—5月在该江段采用底层采卵网进行鱼类早期资源调查，鱼卵使用解剖镜观察分类，并通过分子生物学方法进行鉴定。结果显示，至少有20种鱼类在江安段繁殖，其中产漂流性卵鱼类11种，长江上游特有鱼类3种。监测期间，S1和S2位点出现4次产卵高峰，S3位点出现5次产卵高峰，估算通过江安段的鱼卵总径流量为3.94×10～8粒。冗余分析显示，水温、pH、溶解氧、透明度、流速和流量等环境因子对鱼类产卵活动产生不同程度的影响。研究表明，江安段是多种鱼类的产卵场，鱼类早期资源规模较大，但多样性较为贫乏，长江鲟、胭脂鱼以及岩原鲤并未监测到自然繁殖，同时，流量的增减对鱼类的自然繁殖活动有刺激作用。建议继续科学适宜地开展增殖放流，并开展长江上游梯级水电站生态调度研究，以满足长江上游鱼类繁殖需求。

为探究“十年禁渔”前沱江中游江段鱼类资源和物种多样性，于2017—2020年对该江段鱼类资源进行了8次调查，并对鱼类种类组成、生态类型、群落相似度、种群优势度、生物多样性以及群落结构稳定性等特征进行分析。结果显示，本次调查共采集鱼类87种，隶属于5目14科52属。其中，长江上游特有鱼类18种，外来物种6种，分别占总种类数的20.69%和6.90%。鱼类群落以底层、缓流型、产沉性卵、杂食性鱼类为主。相对重要性指数(IRI)显示，蛇、鲤等中小型鱼类为优势种。Shannon-Wiener指数、Simpson指数、Margalef指数、Pielou指数变化范围分别为2.700～3.742、0.873～0.968、5.374～11.323、0.737～0.887，表明沱江中游鱼类群落分布均匀。等级聚类分析(Cluster)和非度量多维尺度分析(NMDS)显示，在一定的相似性水平上，沱江中游江段鱼类的群落类型基本可分为3组，莲花山、麻柳坝工业园与铁路沟可以聚为一组，万古庙、五里店水电站、资州大桥、银山镇、二水厂与西林渡口聚为一组，沱桥独立成组。数量/生物量比较曲线分析结果显示，西林渡口和沱桥江段鱼类群落结构稳定性相对较高，其余江段鱼类群落结构均受到中度干扰。研究表明，与历史资料相比，沱江中游鱼类群落发生了显著变化，经济鱼类占比减少，鱼类个体呈现小型化和低龄化。本研究补充了沱江中游鱼类资源现状的基础数据，以期为该江段鱼类资源管理与“十年禁渔”生态评估提供科学依据。

分析了赤水河流域鱼类多维度β多样性的纵向空间格局，以期为鱼类资源的保护和科学管理提供依据。基于2019和2020年赤水河流域40个样点的调查数据，研究了各个样点对鱼类物种、功能、分类和环境β多样性的贡献程度(又称样点独特性)，同时对各个指数间的互补和冗余程度进行了分析。结果显示，调查期间赤水河共采集到鱼类125(亚)种，隶属于7目20科80属，其中土著鱼类112 (亚)种，外来鱼类13 (亚)种。鱼类物种β多样性的值为0.719，样点S1、S2、S22和S27的物种独特性显著不同于其他样点。鱼类功能β多样性的值为0.009，样点S10、S20、S21、S28和S36功能独特性与其他样点存在显著差异。鱼类分类β多样性的值为0.004，样点S20、S21、S28和S32的分类独特性显著高于其他样点。样点环境独特性的变异范围为0.010～0.058，最高的4个点为S22、S29、S33和S34样点。随着鱼类丰富度的增加，样点物种独特性呈现出先降低再增加的U型变化趋势。不同维度的样点独特性指数间互补程度较高，然而样点功能独特性和样点分类独特性比样点物种独特性解释了较多的多样性变异。研究表明，β多样性能够揭示淡水鱼类群落结构的时空变化格局及维持机制，鱼类多样性评估需要综合考虑不同维度的生物和非生物多样性。