文章-世纪中文出版社

李晶晶1 续勇波2 《土壤研究》 2020年12期

摘要:

为探究不同年限连续栽培百合的设施土壤细菌和真菌群落组成变化及其与环境因子间的关系，采用Mi Seq高通量测序技术，对连作4年(C4)、连作5年(C5)和连作7年(C7)设施百合红壤中细菌和真菌群落组成和多样性的变化进行了研究。结果显示，所有样品测序后获得细菌和真菌有效序列分别是249003和451044个，细菌和真菌OTUs总数分别是906和298个。Alpha多样性分析显示，随连作年限延长设施百合红壤中细菌香农指数和辛普森指数显著升高，真菌香农指数和辛普森指数显著下降。在物种组成分析中，属于细菌优势菌种的有变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinomycetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)，且C4、C5和C7处理土壤中优势菌种占细菌总数比例分别是85.17%、81.04%和81.64%；而真菌菌门中，只有子囊菌门(Ascomycota)一个优势菌种，并且C4、C5和C7处理土壤中优势菌种占真菌总数比例分别93.69%、92.20%、84.31%。不同连作年限土壤中，子囊菌门镰刀菌属(Fusarium)丰度比例达44.02%～58.83%。相关性分析显示，p H值、有机碳、总氮与变形菌门、放线菌门、酸杆菌门丰度显著相关；p H与青霉属(Penicillium)显著正相关，与镰刀菌属显著负相关。由此可以认为，连作后土壤细菌微生物群落多样性指数显著上升，真菌微生物多样性显著下降，同时土壤中细菌的优势菌种有变形菌门、放线菌门、酸杆菌门、绿弯菌门，在真菌群落组成中子囊菌门占主导，连作后子囊菌门中占主导地位的镰刀菌属数量的增长可能是引起设施百合红壤连作障碍的主要原因之一。

东北苏打盐碱土壤微生物群落对植被进展演替的响应下载：58 浏览：394

杨赛1 俞冰倩1 胡信玉1 王凯莉1 朱琳2 柳参奎3 魏巍1 《土壤研究》 2019年4期

摘要:

研究基于Illumina平台的高通量测序技术，深度解析东北苏打盐碱土植被进展演替下的3种土壤和羊草根系内生微生物群落结构和多样性。碱斑土壤(C)、碱蓬根际土壤(S)、羊草根际土壤(A)以及羊草根系(AE)分别得到1864、1693、1793、730个细菌可操作分类单元(Operational Taxonomic Unit，OTU)，分别得到432、316、502、143个真核微生物OTU。在门分类水平上，苏打盐碱土壤以及羊草根系内生的细菌类群主要分布于9个门，其中变形菌门为主要菌门；苏打盐碱土壤以及羊草根系内生的真核微生物类群主要分布于9个门，其中子囊菌门占主导地位。研究结果表明:苏打盐碱土壤植被进展演替使得土壤细菌和真核微生物群落结构差异性逐渐增大，使得苏打盐碱土壤质量和功能更加稳固，生态系统更加稳定；Halomonas、Nitrincola和Wellemia与东北苏打盐碱土壤植被进展演替相关性较大，Pseudomonas和Paenibacillus与以羊草为主的顶级群落形成相关性较大。

串联质谱与高通量测序技术在新生儿疾病筛查中的应用下载：77 浏览：459

刘洪喜1 朱志平1 虞斌2 杨宇奇2 秦志强2 吉昕1 秦卫英1 曹爱邡1 《预防医学杂志》 2020年3期

摘要:

目的探讨串联质谱(tandem mass spectrometry,TMS)联合高通量测序技术(又称新一代测序技术,next generation sequencing,NGS)在新生儿疾病筛查中的应用价值。方法依托妇幼健康服务联合体,对2015年4月至2018年5月期间常州地区出生的50 844例新生儿开展TMS初筛,对初筛阳性病例运用NGS等技术进行鉴别诊断和基因诊断。结果 50 844例新生儿经TMS初筛阳性650例,召回再次TMS检测结果阳性54例,对该54例病例运用NGS技术进行检测,最终确诊19例为遗传代谢病患儿,总体发病率为1/2 676。结论 TMS联合NGS开展新生儿疾病筛查,能更早、更多地发现新生儿遗传性代谢疾病,从而达到早干预、早治疗的目的。

晋东南旱作区玉米秸秆不同覆盖方式下土壤微生物多样性变化下载：78 浏览：458

李万星李丹靳鲲鹏李小霞曹晋军刘永忠《农业学报》 2019年9期

摘要:

为了研究土壤微生物与秸秆覆盖的关系,试验利用Illumina HiseqTM2500高通量测序技术测定细菌16S rRNA V3+V4区与真菌ITS1区序列,分析5种不同覆盖方式在玉米4个关键生育时期土壤微生物菌群结构及多样性。结果表明:玉米秸秆不同覆盖方式对细菌的结构及多样性影响不显著,各处理随时间均表现出先下降后上升再下降的趋势;对真菌影响显著。其中,无序覆盖(WX)、整秆覆盖(ZG)、地膜覆盖(DM)3种秸秆覆盖方式随生育时期的进程土壤真菌呈现先上升后下降的趋势;粉碎旋耕(FS)表现为先下降后上升再下降的趋势;烧秆(SG)表现为下降平缓再下降的趋势。与不覆盖的耕作方式相比,玉米秸秆覆盖会改变土壤中微生物的种类与结构,改善土壤质量,可在植物生长过程中持续提供营养物质。

不同水域短颌鲚肠道菌群差异分析下载：32 浏览：269

文嗣鑫1,2,3 李乐康4 李亚培1,2 李辰钰1,2 龚小玲1,2 《中国水产学报》 2023年6期

摘要:

为分析鱼类肠道菌群在不同水域环境中的变化，利用16S rRNA高通量测序技术分析了鄱阳湖和青草沙水库大、小2种规格(体质量分别为100～130g、10～30g)短颌鲚(Coilia brachygnathus)(分别记为PYH-L、PYH-S、QCS-L和QCS-S)肠道菌群组成及多样性。结果表明：QCS-L和QCS-S肠道菌群平均OTU分别为524和472个，PYH-L、PYH-S肠道菌群平均OTU分别为466和567个；QCS-L肠道菌群Shannon和Simpson多样性指数均比PYH-L的高，而QCS-S肠道菌群的Shannon和Simpson指数则比PYH-S的低；在不同水域短颌鲚肠道中，每个门类的细菌丰度差异较大，在属水平上伯克霍尔德菌属(Burkholderia)为差异性最大的菌群。研究表明，短颌鲚在不同水域中肠道菌群多样性和丰度的明显差异，极有可能是两地短颌鲚生活史、食性转变和水环境差异造成的。

万峰湖丰水期和枯水期细菌群落组成和多样性比较下载：53 浏览：267

秦燕范波梅丽《中国水产学报》 2023年4期

摘要:

为比较贵州省黔西南州万峰湖丰水期和枯水期细菌群落组成和多样性，于2020年11月(丰水期)和2021年5月(枯水期)采集了万峰湖3个生态位点(大坝、梅家湾和巴结)表层(0～5m)水体的水样，采用16S rRNA高通量测序技术分析其群落组成。结果表明：3个取样点丰水期细菌的OTUs共1 647个，枯水期细菌的OTUs共1 530个，枯水期细菌丰度高于丰水期，而丰水期细菌群落多样性高于枯水期；在门水平上，丰水期浮游细菌群落主要由变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和蓝藻门(Cyanobacteria)等18门202属细菌组成，枯水期浮游细菌群落则主要由放线菌门、变形菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes)等20门236属细菌组成；在属水平上，丰水期和枯水期共有属为55属，147属为丰水期特有，其中放线菌门的Nanopelagicaceae属、蓝菌属(Cyanobium)和羊栖菜弧菌属(Limnohabitans)丰度最高，181属为枯水期特有，其中蓝藻门的Gplla属、土生单胞菌属(Terrimonas)和玫瑰单胞菌属(Roseomonas)丰度最高；PICRUSt功能预测显示，大部分代谢途径中菌群预测的基因拷贝数为枯水期明显高于丰水期。研究表明，万峰湖丰水期和枯水期细菌群落组成和多样性存在明显差异，丰水期和枯水期均有其特有的细菌群落结构，且枯水期菌群代谢比丰水期更活跃。

暗纹东方鲀不同养殖模式下的微生物群落结构下载：76 浏览：471

邱楚雯施永海王韩信《水产研究进展》 2021年4期

摘要:

为探究暗纹东方鲀不同养殖模式下环境及肠道的细菌群落结构特征，实验采用Illumina Miseq高通量测序方法对传统养殖与立体种养2种模式下水体、底泥及暗纹东方鲀肠道细菌的16SrRNA的2个高变区（V3～V4）进行测序分析，利用冗余分析（redundancy analysis，RDA）方法来分析水体菌群与环境因子的关系，使用典型关联分析（canonical correlation analysis，CCA）方法分析肠道菌群与环境因子的关系。结果显示，立体种养模式下水体、底泥及暗纹东方鲀肠道细菌群落的多样性大于传统养殖模式。立体种养模式下水体及底泥的细菌群落结构与传统养殖模式的较为类似，其中水体的优势菌门为放线菌门、蓝细菌门、变形菌门和拟杆菌门；底泥的优势菌门为变形菌门和拟杆菌门。传统养殖模式下，肠道的主要优势菌属为红球菌属，立体种养模式下肠道主要优势菌属为葡萄球菌属、弓形杆菌属、norankfnorank_oChloroplast、Elizabethkingia和支原体属。环境因子关联分析结果显示，pH对水体细菌群落结构具有显著影响。不同养殖模式下水体的优势菌属红球菌属与总悬浮固体（TSS）、总磷（TP）、总氮（TN）、pH和硝酸盐呈正相关。总氨氮（TAN）对暗纹东方鲀肠道细菌群落结构影响最大，暗纹东方鲀肠道的优势菌属红球菌属、弓形杆菌属与TSS、TP呈正相关；不动杆菌属和支原体属与TAN、亚硝酸盐及硝酸盐呈正相关；魏斯氏菌属和葡萄球菌属与TSS、COD、TP、TN、硝酸盐、亚硝酸盐及TAN呈负相关。研究表明，采用立体种养模式可提高养殖系统的细菌多样性，降低病害暴发风险，有助于抑制蓝细菌生长，减小养殖对象的氧化应激损伤。此外，养殖模式能够通过改变水体中氮、磷的含量对水体和暗纹东方鲀肠道的微生物群结构产生一定的影响。

池塘鱼菜立体种养系统的微生物群落结构分析下载：67 浏览：376

邱楚雯袁新程施永海王韩信谢永德徐嘉波税春《中国水产学报》 2021年4期

摘要:

为了解池塘鱼菜立体种养系统中微生物的群落结构特征,探究池塘鱼菜立体种养系统不同组成之间的相互关系,采用Illumina MiSeq高通量测序方法对系统不同组成的微生物16S rRNA V3～V4区进行测序,比较分析了水体、底泥、蕹菜Ipomoea aquatica Forsk根际与根表、暗纹东方鲀Takifugu obscures肠道及凡纳滨对虾Litopenaeus vanname肠道微生物群落多样性及差异。结果表明:池塘鱼菜立体种养系统的6组样品细菌分布于62门1 503属,优势菌门包括变形菌门Proteobacteria (27.71%)、放线菌门Actinobacteria (16.37%)、蓝细菌门Cyanobacteria (16.05%)和拟杆菌门Bacteroidetes (10.07%),主要优势菌属包括红球菌属Rhodococcus、葡萄球菌属Staphylococcus、弓形杆菌属Arcobacter、红杆菌属Rhodobacter、硫杆菌属Thiobacillus和支原体属Mycoplasma;水体的优势菌门为放线菌门、变形菌门、蓝细菌门和拟杆菌门,底泥的优势菌门为变形菌门和拟杆菌门,蕹菜根际及根表的优势菌门为变形菌门、蓝细菌门和拟杆菌门,暗纹东方鲀肠道的优势菌门为厚壁菌门Firmicutes、Epsilonbacteraeota、蓝细菌门和拟杆菌门,凡纳滨对虾肠道的优势菌门为放线菌门和变形菌门;池塘鱼菜立体种养系统中的功能性细菌分布略有不同,蕹菜根表硝化细菌的相对丰度显著高于水体、鲀肠道和虾肠道(P<0.05),蕹菜根际反硝化细菌的相对丰度显著高于其他各组(P<0.05),水体和蕹菜根际固氮菌的相对丰度显著高于虾肠道、底泥和鲀肠道(P<0.05)。研究表明,池塘鱼菜立体种养系统的不同组成(底泥、水体、蕹菜根际与根表、养殖对象肠道)由于功能不同微生物群落结构存在较大差异,在蕹菜根际及根表包含有相对丰度较高的硝化细菌、反硝化细菌、固氮菌,有助于促进氮循环,提高系统中氮的利用率,而养殖对象肠道中既有有益菌也有致病菌属。

利用高通量测序开发的熊本牡蛎微卫星标记评价野生和养殖群体的遗传多样性及通用性下载：73 浏览：471

黄飘逸1 马海涛2 喻子牛2 张跃环2 高红梅1 彭建军1 《水产研究进展》 2020年5期

摘要:

利用高通量测序的方法，从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记，通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性。野生群体中，所有位点共扩增出330个等位基因，等位基因数（Na）范围为6～39，平均等位基因数为16.500 0；有效等位基因数（Ne）范围为1.352 9～33.361 7，平均值9.517 2；观测杂合度（H_o）范围为0.200 0～1.000 0，平均值0.671 5；期望杂合度（He）范围为0.265 6～0.987 7，平均值0.832 1；ShannonWeiner指数（Ⅰ）范围为0.648 3～3.585 8，平均值2.276 9；多态信息含量（PIC）范围为0.254 5～0.969 2，平均值0.803 5，共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。养殖群体中，Na平均值为10.250 0，Ne平均值为5.843 4，H_o平均值为0.639 1，He平均值为0.763 6，I平均值为1.791 4，PIC平均值为0.720 7。结果显示，熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体，但仍然维持在高度多态水平。研究表明，在熊本牡蛎人工繁育过程中，使用大数量的亲本进行繁育，可有效防止选育群体的遗传多样性降低，但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外，分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况，发现XB1-6、XB1-39和XB1-45 3个位点在8个物种中均能扩增出目的条带，XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。

不同健康程度和抗生素氟苯尼考干预下斑石鲷肠道菌群的结构差异下载：92 浏览：496

许燕1，2 王印庚2 张正2 姜燕2 廖梅杰2 李彬2 王凯1，2 李文生3 《水产研究进展》 2018年6期

摘要:

为了研究不同健康程度和抗生素氟苯尼考干预下斑石鲷肠道菌群结构的差异及其与养殖环境中菌群结构的相关性，采用Illumina Hi Seq PE250高通量测序的方法对健康、亚健康、典型黑身病和口服氟苯尼考条件下的斑石鲷肠道、养殖水体和颗粒饵料中的细菌多样性及群落结构进行了分析比较。结果显示，养殖水体中细菌多样性高于肠道和颗粒饵料。不同健康程度及氟苯尼考干预下斑石鲷肠道中细菌均以变形菌门、厚壁菌门和软壁菌门为主，且对应的操作分类单元(OTU)占样品全部OTU的比例均达到85%以上。黑身病的发生可影响斑石鲷肠道中丰度最高的前20种优势细菌种类的排名次序，其中变形菌门中的弧菌属的相对丰度显著增加，且随着弧菌属丰度的增加，斑石鲷的黑身病症状也逐渐加重。饵料中添加氟苯尼考投喂斑石鲷能使患病鱼肠道弧菌属的丰度从60.33%下降到1.29%，较大程度改变了肠道的菌群结构，并证实氟苯尼考有效防治黑身病。其次，养殖水体和颗粒饵料对斑石鲷肠道菌群也有一定影响，且养殖水体的影响高于颗粒饵料。本研究首次报道了斑石鲷肠道菌群结构，其研究结果为今后斑石鲷的健康养殖、疾病防控及其微生态学研究提供了参考依据和技术支撑。

基于长片段PCR扩增的牡蛎疱疹病毒基因组高通量测序下载：90 浏览：511

史杰1，2 白昌明2 李晨2 蔡生力1 王崇明2 《水产研究进展》 2018年4期

摘要:

为获取2001年低温冻存栉孔扇贝感染牡蛎疱疹病毒(Os HV-1)变异株(ZK2001)基因组序列，并分析ZK2001与其他Os HV-1变异株的序列差异和系统发育关系，利用基于长片段PCR的基因组DNA的扩增和富集技术，获取2001年栉孔扇贝感染Os HV-1变异株的基因组DNA；再使用Illumina Hiseq 2500 PE250高通量测序平台对其测序。最后分析ZK2001与Os HV-1其他变异株基因组的序列差异和系统发育关系。测序数据组装后获得8个Scaffold。基因组变异分析结果显示，ZK2001与参考基因组相比存在328个SNP位点，SNP和序列插入/缺失变异是导致Os HV-1基因组序列变异的主要变异类型。系统发育分析结果显示，ZK2001变异株与分离自我国的Os HV-1变异株亲缘关系最近，与分离自欧洲的Os HV-1μvar及其相关变异株的亲缘关系最远，说明中国和欧洲分布Os HV-1间存在因地理隔离导致的遗传分化。研究表明，基于长片段PCR的DNA富集技术，可以有效地扩增和富集冷冻样本中Os HV-1基因组DNA，并应用于高通量测序。Os HV-1不同变异株基因组序列数据的获取和积累，将为其基因组尺度的基因变异、株系演化和系统发育关系等研究提供重要基础。

黄腻苔舌面菌群分析下载：95 浏览：505

齐城成李伟丁成华孙悦王河宝何愉周灵情《中国中医药》 2019年10期

摘要:

目的:利用Illumina Miseq测序平台探究病理黄腻苔、生理黄腻苔及健康薄白苔之间舌苔菌群门与属水平上菌群聚集情况。方法:采集病理黄腻苔、生理黄腻苔和健康薄白苔样本各50例，归为3组。对3组舌苔样本提取总DNA，并筛选出12份病理黄腻苔样本、12份生理黄腻苔样本及11份健康薄白苔样本，共35份，以Illumina Miseq PE300为测序平台进行高通量测序，并对测序数据进行处理和分析。结果:对35份样本测序后与数据库进行比对确定为12门、23纲、39目、66科、133属、246种的细菌。3组样本的群落构成有一定相似性，在门、属水平上都有相同的优势菌种，但3组样本在门、属水平上种群组成存在差异。结论:在门水平上，病理黄腻苔组与生理黄腻苔组在变形菌上存在差异；病理黄腻苔组与健康薄白苔组在变形菌和放线菌上存在差异；在属水平上，病理黄腻苔组与生理黄腻苔组在奈瑟氏菌和韦荣球菌上存在差异；病理黄腻苔组与健康薄白苔组在奈瑟氏菌、韦荣球菌、放线菌和嗜血杆菌上存在差异；生理黄腻苔组与健康薄白苔组在门与属水平上菌群结构无差异。

高通量测序技术在复发性流产病因诊断中的应用探讨下载：283 浏览：2684

钱芳芳汪琼《诊断医学》 2023年4期

摘要:

目的：探讨并研究高通量测序技术在复发性流产病因诊断中的应用效果。方法：收集我院78例复发性流产患者的流产绒毛组织，应用高通量测序技术（NGS）实施全基因组拷贝数变异检测结果。结果：78例患者流产绒毛组织检测成功78例，检测成功率100%；78例中检测拷贝数异常有37例，占47.4%；37例患者中整条染色体拷贝数增加/减少有29例，部分染色体增加/减少有8例；微缺失/微重复片段有13个。与数据库比较，13个片段中有10个与早期流产、胚胎停育相关的致病性拷贝数变异。结论：高通量测序技术用于复发性流产病因诊断中具有重要作用，检测准确率较高，而且检测分辨率高，能检测出染色体异常，用于复发性流产患者生育具有重要指导作用。

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