为评估不同SNP标记密度对凡纳滨对虾AHPND抗性基因组预测准确性的影响，本实验对26个全同胞家系进行VpAHPND侵染，收集686尾个体的存活时间数据，对其中242尾个体利用液相芯片“黄海芯1号”(55.0KSNP)进行基因分型，基于A、G和H亲缘关系矩阵估计VpAHPND侵染后存活时间的遗传参数；采用随机和等距抽取方式，基于55.0KSNP构建了8个低密度SNP面板(40.0、30.0、20.0、10.0、5.0、1.0、0.5和0.1 K)，利用GBLUP和ssGBLUP等方法预测VpAHPND侵染后存活时间的基因组育种值，利用交叉验证方法计算其预测准确性，并与BLUP方法进行对比分析。遗传参数估计结果显示，VpAHPND侵染后存活时间表现为高遗传力水平，估计值为0.68～0.79。在55.0KSNP密度下，针对242尾基因分型个体数据集(G242)，利用BLUP、GBLUP和ssGBLUP方法获得的预测准确性分别为0.424、0.450和0.452，GBLUP和ssGBLUP比BLUP分别提升了6.13%和6.60%；针对686尾表型测定个体数据集(P686)，利用BLUP和ssGBLUP方法获得的预测准确性分别为0.510和0.535，后者比前者提升了4.90%。对于8个低密度SNP面板，当SNP密度≥10.0 K时，基因组预测准确性变化幅度在G242和P686数据集中均较小(1.1%～1.8%)；随着SNP密度自10.0K不断降低，基因组预测准确性在2个数据集中也不断降低，其中5.0K密度降幅为0.6%～2.6%、1.0K密度降幅为5.8%～11.0%、0.5K密度降幅为11.4%～17.2%、0.1K密度降幅为38.8%～41.6%。10.0K与55.0KSNP密度间基因组亲缘系数、GEBV的相关系数均高于0.99，表明利用10.0KSNP面板可以准确地预测同胞个体间的亲缘关系及其GEBV。研究表明，使用10.0SKNP面板对Vp AHPND侵染后存活时间进行基因组遗传评估可以得到与55.0KSNP芯片近似的预测准确性，为低密度SNP分型芯片设计提供了参考。

为研究B类Ⅰ型清道夫受体(SCARB1/SR-BI)在中华绒螯蟹代谢、生长以及免疫等生物学过程中的分子功能，实验对中华绒螯蟹Scarb1的克隆及时空表达进行了分析，观察了RNA干扰该基因后的相关组织结构和类胡萝卜素含量变化，筛选了该基因的SNP标记并与生长相关性状进行关联分析。结果显示，中华绒螯蟹的Scarb1由2个外显子和1个内含子组成，开放阅读框为2415bp，编码805个氨基酸；系统进化分析显示中华绒螯蟹与三疣梭子蟹的氨基酸同源性高达80.51%，具有较高的物种间保守性。该基因在不同蜕壳时期的肝胰腺、肠道、血淋巴细胞、心脏、鳃和肌肉组织中均有表达，但在肝胰腺、肠道和血淋巴细胞中的表达量相对较高。RNA干扰Scarb1后，组织切片观察发现肝胰腺的肝小管管腔模糊并产生了部分空泡化结构，肠道内膜的肌肉层和黏膜下层处出现显著空洞现象；肝胰腺的颜色由黄色变成灰白色，其中的类胡萝卜素含量显著下降。在该基因的第一外显子筛选到1个SNP位点(C432T)与蜕壳后体重和壳长增长率存在显著相关性。本研究结果为Scarb1在中华绒螯蟹的遗传研究和育种应用提供参考。

为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤（Gymnocypris eckloni）良种选育，以花斑裸鲤（2+龄）的鳃、肾脏和肝脏组织为材料，经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序，并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记（InDel）位点特征。结果表明：在486 221条Unigenes序列中共发现了128 727个SSR,出现频率为26.47%,平均每3.76 kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括6个重复类型，以单碱基和二碱基重复基元类型为主，分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%,重复基元类型共77种，其中，A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高，是花斑裸鲤SSR的优势重复基元；所有重复次数中出现次数最多的为5～15次，占所有SSR位点的87.52%;通过GATK3软件搜索得到399 080个SNP位点，转换类型多于颠换类型，分别占总SNP的56.29%和43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高，C/G发生频率最低；InDel分析显示，从花斑裸鲤转录组Unigenes中共筛选出254 065个InDel位点，平均每1 903 bp出现1个InDel位点，且SNP位点和InDel位点均以含1个位点的Unigenes数最多。研究表明，花斑裸鲤转录组中SSR、SNP和InDel位点非常丰富，这些位点对花斑裸鲤种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值。

为了探究马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)α-Tubulin基因在低温适应性中的作用，通过RACE克隆技术获得马氏珠母贝α-Tubulin基因，分析了α-Tubulin基因在低温胁迫下的表达趋势，并筛选和比较了马氏珠母贝耐低温选育系(R)F3和北部湾野生群体(W)的α-Tubulin编码区SNP位点。结果表明：马氏珠母贝α-Tubulin基因总长为2 107bp,可编码454个氨基酸，具有典型的Tubulin和Tubulin-C结构域；全组织定量显示，α-Tubulin基因在所有组织中均有表达，在足部中表达量最高(P<0.05);低温胁迫时，鳃组织中α-Tubulin基因在低温组(12、17℃)的表达量均在72h时达到最高，且显著高于对照组(22℃)(P<0.05);α-Tubulin外显子区域共有34个SNP,其中3个SNP位点的基因型频率在R和W群体间有显著性差异(P<0.05);连锁不平衡分析显示，R群体单倍型CCTCAGCGCC的频率明显高于W群体。研究表明，α-Tubulin为参与调节马氏珠母贝低温适应过程中的候选基因，筛选出的与抗低温性状相关的SNP位点g.111071125及优异单倍型CCTCAGCGCC,可作为选择育种的候选标记。

为了探讨缢蛏糖原含量与糖原合酶基因(sc-gys)的特性及其用于分子标记辅助育种的可行性，实验检测了浙江缢蛏群体糖原含量的周年变化，克隆获得糖原合酶基因的cDNA全长序列，分析其在不同组织、不同月份的表达差异，并进一步筛选出与糖原含量相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)位点。结果显示，养殖缢蛏在2—6月糖原含量较高，4月达到最大值。sc-gys基因的cDNA全长为2 402bp，开放阅读框为2136bp，编码711个氨基酸。荧光定量PCR结果显示，sc-gys基因主要在外套膜和足中表达，其不同月份的表达水平与糖原含量周年变化规律一致，4月表达量显著高于其他月份，表明该基因与糖原合成关系密切。在"甬乐1号"品种和台州野生群体sc-gys基因的外显子区共筛选到2个与糖原含量相关的SNP位点，且两位点之间没有连锁不平衡，优势基因型组合个体的糖原含量比群体均值提高11.8%，这些位点和优势基因型组合可为缢蛏糖原含量的遗传改良提供候选标记。