朱希祖主持北京大学史学系、中央大学史学系长达17年,对中国现代史学体系的建立作出了重要贡献。他主张历史学是一门社会科学,欲治史学,必先通政治、经济、法律、社会诸学;在课程设置上,他重视历史研究的基础课程和工具性课程,把它们提到与专业课程一样重要的位置;他重视学生自主研究能力之培养,强调史学会的重要作用。朱希祖的历史学科建设思想曾在民国时期产生很大的影响。时至当代,犹不乏启示意义。