随着综合管廊PPP项目的日渐增多，综合管廊有偿使用模式和政府补贴机制设计成为了亟待解决的问题，它关系着综合管廊PPP项目能否顺利实施。考虑了合理投资回报率，假定某种收费方式的前提下，运用净现值法计算出补贴金额，建立可变补贴和固定补贴相结合的讨价还价博弈模型，并运用逆推归纳法求解唯一的子博弈精炼纳什均衡，从而设计了政府、项目公司和管线单位三方共赢的灵活补贴机制。通过实证分析验证模型的有效性，提出完善项目补贴机制的建议。